Théorie microbienne

Pendant longtemps, on a considéré que l’apparition d'une maladie tenait non à la présence de micro-organismes qui se développent par reproduction^[1] mais à la génération spontanée de symptômes néfastes.

Pourtant, au I^er millénaire av. J.-C., un livre sacré de la tradition hindoue, l’Atharva-Véda, consacré en partie à la médecine, conjecture déjà la présence d'agents pathogènes vivants tels que le yatudhānya, le kimīdi, le krimi et le durṇama comme causes de la maladie. Les atharvāns luttent contre la maladie en cherchant à les tuer avec une variété de médicaments.^{[réf. souhaitée]}

En Occident, il faut attendre le Rerum rusticarum de Varron (36 av. J.-C.), pour voir une mise en garde contre l’implantation d’une ferme à proximité de marais :

« ... Et parce qu’il y a certaines créatures minuscules que les yeux ne peuvent voir, qui flottent dans l’air et pénètrent dans l’organisme par la bouche et le nez et causent de graves maladies^[2]. »

En 1546, Girolamo Fracastoro propose que les maladies épidémiques sont causées par des entités transmissibles semblables à des semences, susceptibles de transmettre les infections par contact direct ou indirect ou même sans contact sur de longues distances. C’est à son compatriote Agostino Bassi qu’on donne souvent le crédit d’avoir formulé pour la première fois la théorie microbienne, sur la base de ses observations sur l’épidémie meurtrière de la maladie muscardine des vers à soie. En 1835, il attribue expressément la mort des insectes à des agents vivants contagieux, dont on peut voir à l’œil nu les spores sous forme de masse poudreuse. En 1912, le champignon microscopique sera nommé Beauveria bassiana en son honneur.

En 1674, les micro-organismes sont observés au microscope par le savant néerlandais Antoine van Leeuwenhoek, considéré comme le père de la microbiologie. À sa suite, le médecin Nicolas Andry de Boisregard, considéré comme le père de la parasitologie, explique en 1700 que les micro-organismes qu’il appelle encore « vers^[3] » sont responsables de la variole et d’autres maladies^[4].

En 1847, l’obstétricien hongrois Ignace Semmelweis remarque l’incidence dramatiquement élevée de morts dues à la fièvre puerpérale chez les femmes ayant accouché avec l’aide des médecins et étudiants en médecine à l’Hôpital général de Vienne où il travaille, alors que les accouchements pratiqués par les sages-femmes sont beaucoup plus sûrs. Semmelweis fait le lien après une enquête entre l'incidence de la fièvre puerpérale et la pratique d'examen des femmes en couches par des médecins qui viennent de pratiquer des autopsies. Il affirme en conséquence que la fièvre puerpérale est une maladie contagieuse dans le développement duquel sont impliquées des substances provenant des autopsies. Bien qu’il réussisse à ramener la mortalité à l’accouchement de 18 % à 2,2 % dans son hôpital, après avoir obligé les médecins à se laver les mains avec de l’eau de chaux chlorée avant d’examiner les femmes enceintes, les théories et la personne de Semmelweis sont l’objet de violentes attaques de la plupart de l’établissement médical viennois.

Au XVII^e siècle, le médecin italien Francesco Redi fournit les premières preuves contre la génération spontanée grâce à une expérience menée en 1668 au cours de laquelle il place un pain de viande et un œuf dans trois bocaux différents. Il laisse l’un des bocaux ouverts, le deuxième hermétiquement fermé, tandis que le troisième est simplement recouvert de tissu. Au bout de quelques jours, Redi observe que le pain de viande dans le bocal ouvert est couvert d’asticots, et que le bocal couvert de gaze présente des asticots sur la surface de la toile. En revanche, l’intérieur et l’extérieur du bocal hermétique est entièrement dépourvus d’asticots. Redi remarque qu’on ne trouve d'asticots que sur des surfaces accessibles aux mouches. Il en conclut que la théorie de la génération spontanée n’est pas plausible.

Le médecin britannique John Snow a contribué à la formation de la théorie microbienne lorsqu’il a remonté la source de l’épidémie londonienne de choléra de 1854 à Soho. L’analyse statistique des cas touchés a démontré que l’épidémie n’était pas compatible avec la théorie des miasmes, qui prévalait à l’époque. Dans ce qui constitue un exemple précoce d’usage de l’épidémiologie, de la médecine de santé publique et l’application pratique de la théorie microbienne pour enrayer un risque phytosanitaire ^[5], Snow a mis en cause, non les miasmes, mais l’eau potable, comme vecteur de l’épidémie cholérique après avoir constaté que les cas étaient survenus dans les domiciles dont les habitants s’étaient approvisionnés en eau à la pompe de Broad Street, qui constituait le centre géographique de l’épidémie à la suite de la contamination par les eaux usées de la source qui l’alimentait.

En 1854 également, Filippo Pacini isole le bacille du choléra (Vibrio cholerae), mais sa découverte est peu remarquée avant que Robert Koch ne la refasse une trentaine d'années plus tard^[6].

Entre 1860 et 1864, le pionnier de la microbiologie Louis Pasteur démontra que la fermentation et la croissance des micro-organismes dans les bouillons de culture n’était pas due à la génération spontanée. Il exposa des bouillons fraichement bouillis à l’air dans des récipients contenant un filtre destiné à arrêter toutes les particules passant à travers le milieu de croissance, et même sans filtre du tout, et juste un long tube tortueux laissant passer l’air en empêchant le passage des particules de poussière de l’air. Comme rien ne se développait dans ces bouillons, il fallait nécessairement que les organismes vivants se développant dans ces bouillons provinssent de l’extérieur, sous forme de spores sur la poussière, plutôt que d’être autogénérés par le bouillon de culture lui-même.

Dans les années 1870, Joseph Lister joua un rôle important dans le développement d’applications pratiques de la théorie microbienne dans les techniques chirurgicales.

En 1890, Robert Koch publie ce qu'on appelle depuis les postulats de Koch (ou de Henle-Koch) ; ils servent à déterminer si une maladie donnée est causée par un microbe donné^[1], et sont encore en usage à l’heure actuelle.