Thomas Schneider commence ses études en 1984 à l'université de Zurich, en se concentrant sur l'histoire, l'égyptologie et l'hébreu. Il part à l'université de Bâle en 1986, où il obtient une maîtrise en égyptologie, histoire ancienne et études de l'Ancien Testament en 1990. Il poursuit ses études au Collège de France à Paris avant de terminer son doctorat en égyptologie à l'université de Bâle en 1996. En 1999, il termine son habilitation à la même université.
Thomas Schneider devient professeur d'égyptologie à l'université du pays de Galles, à Swansea. Auparavant, il a été professeur invité aux universités de Vienne, Varsovie et Heidelberg, professeur de l'Association nationale suisse de la recherche à l'Institut d'égyptologie de Bâle et a participé au projet MISR (Mission Siptah - Ramsès X dans la vallée des Rois) de l'université de Bâle. Depuis 2007, il est professeur agrégé d'égyptologie et du Proche-Orient à l'université de la Colombie-Britannique.
