La municipalité abrite plus de quatorze sites archéologiques d'importance relative de par leur superficie, représentatifs de différentes cultures[3].
Le site archéologique de La Perseverencia est un ancien centre cérémoniel majeur de la période préclassique récente (450 av. J.-C. à 200 apr. J.-C.), comme en témoignent ses plus de 28 structures et ses deux terrains de jeu de balle, couvrant une superficie de plus de 15 hectares[4] Avec les sites archéologiques de Tiltepec, Tzuzuculli et Las Ánimas — qui correspondent à la période préclassique —, il présente des liens étroits avec la culture olmèque. Los Horcones, Fracción Mujular, Mojarras et La Chincúa, qui correspondent aux périodes préclassique contemporaine et classique ancienne, sont associés à la culture de Teotihuacan, dont les cultures locales entretenaient des échanges économiques et religieux. « Paredón » est lié à la culture mixtèque. La culture d'Iglesia Vieja, d'Ocuilapa, de San Carlos, de Pontedur, de La Polka, de Cabeza de Toro et de la Cité perdue du Cerro de Bernal demeure indéfinie[3].
Peter Gerhard mentionne que bien avant l'arrivée des Espagnols, les Huave habitaient la côte basse de Tonalá, c’est-à-dire les marais de la lagune de Mar Muerto[5].