Fondée en 1961, elle s’est d’abord développée comme un établissement à caractère modérément religieux, dispensant un enseignement axé sur la lecture et l’interprétation des textes religieux. Toutefois, à la suite du coup d’État de Mouammar Kadhafi en 1969, des réformes éducatives ont été mises en œuvre, entraînant la fermeture des départements islamiques et leur remplacement par des départements scientifiques.
Première université établie dans la ville d’Al-Bayda, elle dispose de quatre campus répartis entre les villes suivantes : Al-Bayda (ancien campus et nouveau campus), Al-Qubbah, Derna (Université de Derna) et Tobrouk (Université de Tobrouk). L’université compte vingt facultés sur l’ensemble de ses campus et accueille des étudiants originaires de nombreux pays, notamment de Malte, de Chypre, d’Égypte, de Malaisie, d’Indonésie, du Soudan et du Tchad.
Le bâtiment de l’Agriculture est le plus ancien du campus d’Al-Bayda et peut, à lui seul, accueillir plusieurs milliers d’étudiants. L’Université Omar Al-Mukhtar regroupe vingt-trois facultés réparties sur quatre campus. Elle relève du ministère de l’enseignement supérieur et est officiellement accréditée et reconnue par le ministère de l’Enseignement supérieur et de la Recherche scientifique de Libye.
