Le jeu reprend la plupart des éléments de gameplay classique des shoot'em up. Le joueur contrôle un petit vaisseau et doit se déplacer et tirer sur les adversaires.
Dans Warning Forever, le joueur n'a qu'une seule arme disponible, une qui tire de nombreux petits projectiles, mais celle-ci est modulable. Il est en effet possible de choisir l'angle de tir (à 360°) ainsi que l'angle de dissipation des tirs.
La surface de jeu est plutôt restreinte, d'autant plus que les adversaires sont énormes (souvent trop grands pour être entièrement affichés à l'écran).
Le but du jeu est de détruire, les uns après les autres, les boss qui se présentent. Pour ce faire il faut détruire leur cœur (signalé par un point rouge). Les boss sont composés de multiples parties, certaines d'entre elles sont mobiles ou portent des armes. Chaque partie est destructible séparément et détruire une partie proche du centre détruit également les parties qui lui sont rattachées. Plus une partie est entourée d'autres pièces, plus elle est résistante.
Les boss possèdent différentes caractéristiques (armements et constitution) qui évoluent en fonction de la tactique du joueur. Par exemple, plus le joueur se focalise sur les missiles, plus les boss suivants auront ce type d'armement.
Warning Forever n'utilise pas un système de vies déterminé (bien qu'il soit possible de changer cela dans les options) mais fonctionne grâce à un chronomètre. La partie commence avec 180 secondes au compteur. Détruire un boss rajoute 30 secondes, la perte du vaisseau retire 20 secondes. La partie s'arrête lorsque le compteur arrive à 0.