En 1674, il révèle son goût de la controverse en attaquant un puritain, John Owen, dans La connaissance de Jésus-Christ et l'union avec lui. En 1684, il publie Le cas de la résistance des puissances suprêmes, posé et résolu selon la doctrine des Saintes Écritures, un traité dans lequel il établit la distinction entre l'obéissance active et passive, qui est généralement acceptée par le clergé de la Haute Église.
Pendant la période de sa suspension, il écrit un Discours pratique sur la mort, qui devient très populaire.
En 1690 et 1693, il publie des ouvrages sur la doctrine de la Trinité, qui aidèrent plutôt que de nuire à la cause socinienne et l'impliquèrent dans une controverse avec Robert South et d'autres.
Ses sermons, rassemblés en 2 volumes, ont fait l'objet de plusieurs éditions.
On a en particulier conservé de lui :
- Sermons sur la Mort et le Jugement,
- Traité de l'Immortalité de l'âme,
- Traité de la Providence, traduit en français en 1721.