Yoshi ne peut porter qu'un bébé à la fois. Des panneaux cigognes lui permettent d'en changer. Il saute avec B et peut planer si on reste appuyé sur le bouton, tire la langue avec Y, tire un œuf avec A ou R. Il existe 2 façons de tirer : une calme et une rapide. En calme, vous devez appuyer 2 fois sur R, et en rapide vous devez maintenir puis lâcher le bouton R pour tirer un œuf.
Chaque bébé que porte Yoshi possède un pouvoir particulier :
- Bébé Mario : quand on récupère une étoile, Bébé Mario se transforme en Super Bébé. Ce pouvoir lui permet de courir très vite, de marcher sur les murs, ll court vite en appuyant sur Y. Quand on le porte, les œufs de Yoshi rebondissent sur les murs et dégomment certains ennemis. Yoshi court légèrement plus vite avec ce bébé
- Bébé Luigi : c'est celui que l'on doit sauver.
- Bébé Peach : elle possède une ombrelle, ce qui rallonge la durée du vol. Son ombrelle permet également de sauter plus haut quand il y a du vent. Quand on la porte, les œufs de Yoshi éclatent au premier contact avec un obstacle.
- Bébé Donkey Kong : il permet de grimper aux lianes. Ce n'est sûrement pas sans rappeler Donkey Kong Jr. Avec lui, les œufs explosent au premier contact. Il est plus lourd que les autres bébés ce qui réduit la hauteur du saut de Yoshi.
- Bébé Wario : il possède un gros aimant, qui permet d'attraper les pièces à distance, d'activer certaines plates-formes ou certains blocs. Mêmes œufs que Bébé Mario.
- Bébé Bowser : il crache des flammes ce qui permet de se débarrasser facilement de la plupart des ennemis. Mêmes œufs que Bébé Mario.
