JBIではコンポーネントにエンドポイント名、サービス名、インタフェース名、オペレーション名、その他コンポーネント独自の設定を与えてコンポーネントを活性化させ、インスタンスを起動させるものを「サービスアセンブリ」と定義している。
サービスアセンブリは、前述した設定事項をWSDL 1.1/2.0（タグを拡張する部分はコンポーネントごとに独自形式）やコンポーネントが独自に読み込む設定ファイルに書き込み、既定の形でZIPファイルに封入し、JBIコンテナに配備するという方法で運用する。このように、理論的には実装クラスとサービスを独立なライフサイクルで扱えるのがJBIの利点と言える。
ノーマライズメッセージルータを流れるメッセージは「メッセージエクスチェンジ」と呼ばれるものであり、内容はJavaのプロパティの塊そのものであり、その中にWebサービスではなじみ深いエンドポイント名、サービス名、インタフェース名 (PortType)、オペレーション名、ノーマライズメッセージ、その他のプロパティを書き込み、これをメッセージルータにsendすることで、指定したエンドポイントに運ばれる。なお、ノーマライズメッセージは、(javax.xml.transform.Source) と定義されたコンテント、(javax.activation.DataHandler) と定義された添付ファイル、その他のプロパティで構成され、おおよそSOAPメッセージの形式を継承したような設計になっている。コンテントはXMLが入るが、Sourceになっていることにより、DOM、SAX、StAXなどのあらゆるAPIでの処理が可能になっている。しかし、経由するコンポーネントでのXML処理方法を統一していなければ、DOM、SAX、Streamのどの形式のインスタンスでメッセージが来ても処理できるようにしておく必要がある。
