1989年。ある組織の父オスレットと息子のドルーが、体力・知力共に優秀な高校生の遺伝子を利用して軍事利用の為のクローン人間を作ろうと企み、彼を暗殺。同じ頃、小説家のマーティ・スティルウォーターの娘がけがをして病院へ運ばれる。マーティと高校生は病院で血液を採取されるが、手違いで組織にはマーティの血液が運ばれる。マーティの血液を基につくられたクローン人間のアルフィーは著しい速さで成長し、大怪我をものともしない強靭な回復力を手に入れていた。彼をあくまで物として扱う組織と、人間として扱う軍との間で齟齬が生じ、アーメス将軍はプロジェクトを中断しようとするが、クローンに殺される。
5年後。マーティは家族と幸せに暮らしていたが、謎の幻覚に悩まされるようになっていた。一方のアルフィーはマーティと全く同じ見た目に成長。殺し屋として暗躍していたが、愛とは無縁の自分の生活に絶望していた。
暗殺を終えたアルフィーは空港で女性から雑誌にサインを頼まれる。その雑誌では『Mr.マーダー』の名でマーティが取り上げられており、彼を羨んだアルフィーはマーティの自宅へ向かい、病院へ診断を受けに出かけたマーティと入れ替わる形で家に侵入。家じゅうを物色してマーティのことを記憶していく。病院から戻ったマーティは荒らされた部屋を見て訝しむ。そして遂にマーティとアルフィーは鉢合わせするのだった。
マーティを自分の複製だと思い込んでいるアルフィーは『自分の人生を返せ』とマーティに迫り激しく争う。マーティは何とかアルフィーを制圧するも、妻と子供が帰宅。マーティは家族を知り合いの家へ避難させる。家の中に戻るとアルフィーはおらず、車で逃走していた。
現場に訪れた警察は飛び散った血量の多さに不信感を抱き、マーティが本の宣伝のために虚偽の通報をしたのではないかと疑う。妻もこの異様な状況で彼を信じ切れずにいた。そんな折、アルフィーが子供たちをさらっていってしまう。マーティは何とか家族を取り戻し、警察に助けを求めるも、現場で採取された指紋が1種類しかないことを証拠に自首を勧められる。
アルフィーは超能力でマーティの脳を乗っ取りスティルウォーター一家の居場所を把握しようとするが、マーティの抵抗によって阻止されたので、クローンはマーティの両親への接触を図る。
事件が新聞に顔写真付きで取り上げられたのを知ったマーティは急いで銀行から財産を引き出そうとするが、その間にまたしてもアルフィーに脳を乗っ取られて居場所が知られてしまい、彼から尾行される。銀行の近くでマーティを目撃した数名の証言に不可解な点があり、警察はクローンの存在という可能性を視野に入れ始める。
ガソリンスタンドを訪れたマーティらをアルフィーが追うが、マーティは機転を利かせてアルフィーをトイレに閉じ込める。だがそこへ、クローンを回収しにやってきたドルーが間違えてマーティを連れて行ったことでマーティとアルフィーが入れ違いになる。マーティは組織の人間を振り払って家族の元へ向かう。
アルフィーはマーティの家族と夕食を食べて過ごしていたが、家族にカマをかけられたことでボロが出てクローンであることが悟られる。同時にマーティが家族と合流し、小屋に身を隠した一家とクローンの戦いが始まる。同じ頃、事態を重く見たオスレットは全てを公表することを決めるも、それを快く思わないドルーによって毒殺される。
アルフィーと戦うマーティの前にドルーが現れる。一家を殺そうと銃を向けるドルーに激しい怒りを覚えたアルフィーは彼を抱えたまま建物から飛び降りてドルー共々命を落とす。2年後、警察の捜査により事件の全貌が明るみに出る。スティルウォーター一家は消息不明という扱いになっているが、偽名を使って出版を続けつつ家族と世界を回って暮らしている。
