この準州を構成する地域の大部分は、もともとルイジアナ買収地の一部で、ミズーリ準州の一部であった。1821年にミズーリが州になると、このエリア(南北ダコタとともに)は事実上未編入領地となった。この地域には、ブラック・ホーク戦争が終結した後の1830年代から、白人入植者が入り始めた。1834年6月28日にミシガン準州に属し、ミシガンが州になった1836年にウィスコンシン準州と分けられた。
当初アイオワ準州は、ウィスコンシン準州西部にあるミシシッピ川以西の地域、「アイオワの地区」だった。1838年に創設された準州のもともとの境界内には、ミネソタと南北ダコタの一部が含まれ、面積はおよそ194,000 平方マイル (500,000 km²)ほどあった。
バーリントンが当初臨時の首都となり、1841年にアイオワシティが公式に準州都に指定された。1846年にアイオワが州に昇格すると、アイオワシティはそのままアイオワ州最初の州都となった。