ドイツ帝国のカトヴィッツ（現在のポーランド、カトヴィツェ）に生まれた。第一次世界大戦終結後の混乱期を経て、彼は1920年代後半にナチ党に入党（党員番号：95,657）、1930年には親衛隊（SS隊員番号：2,836）に加わった。
国家社会主義ドイツ労働者党の権力掌握後、シェーファーは警察組織内で頭角を現した。彼は特に、占領下のセルビアにおける保安警察及びSD（親衛隊情報部）の司令官として知られている。1941年、彼はユーゴスラビア侵攻後に設立されたセルビア軍事管理局（Militärverwaltung Serbien）において、保安警察及びSDの司令官として赴任した。この職務において、彼はセルビアにおけるレジスタンス活動の鎮圧、ユダヤ人に対する迫害、そしてロマ民族の迫害に関与した。彼の指揮下で、多くのユダヤ人やパルチザンが殺害され、強制収容所に送られたとされている。
戦後、シェーファーは連合国によって逮捕され、戦争犯罪の容疑で裁かれた。しかし、詳細は不明であるが、彼は比較的短い期間の投獄の後、釈放された。釈放後の彼の人生については公にほとんど知られていないが、1974年12月4日に死去した。
