20XX年、東K（トウキョウ）市が直下型地震に見舞われた。壊滅的な被害を受けた「湾岸D地区」へ救助に向かった自衛軍レスキュー班第四部隊。隊員のレイと魚住は、そこで明らかに地震で死んだのではない遺体を見つける。そして、そこで流れていたのは、ドヴォルザークの『新世界より』第4章。
突如何者からか爆撃を受け、第四部隊は全滅と伝えられる。
その後、地震の爪あとを残さず急速に復旧を果たしたトウキョウ市。ジャーナリストを目指すビリー少年が、友人で資産家の息子・弟丈司有人と間違えられて誘拐されるという事件が発生。
生き残っていたレイと魚住はそれぞれの生活をしていたが、謎の男にスカウトされ、南S宿のバー「シカゴ」という店に集まる。ビリーの誘拐現場でも『新世界より』が流れており、第四部隊全滅の件と関わりがあると聞かされ、レイと魚住がビリーの救助に向かう。