血栓の主要タンパク質であるフィブリンを分解することから血栓溶解薬としても用いられ、他の薬剤より安価であるため欧米では心筋梗塞や肺塞栓症に対して用いられてきたが、副作用の問題が大きく、これに代わるt-PAなどが開発されたためあまり用いられなくなりつつある。日本では血栓溶解剤としては認可されていないが、内服用抗炎症剤として用いられている。
ストレプトキナーゼは細菌の作るタンパク質であるから、体内に投与するとこれに対する免疫ができる。最初の投与から4日以上経つと効果的でなくまたアレルギーを引き起こすことがあるから、使用はそれ以内に終えることが推奨されており、心臓発作に対しては患者の最初の発作にのみ使用するのが普通である。またフィブリンの有無にかかわらずプラスミノーゲンを活性化するため、副作用として出血傾向の問題が大きい。