ネイティブXMLデータベースが出現した当初（第一世代）はその処理性能が問題となることが多かった。現在は各ベンダーとも独自の格納構造・検索技術を導入し、それを補いつつある。
かつては大規模基幹系システムで利用されるDBMSの座を目指した動きがあったが、すでに市場へ導入されているRDBMSと正面きって対抗するのではなく、ソリューションの構成製品のひとつとして、もしくはパッケージ組み込みのためのストレージ管理を担当するユニットとして活用されることで市場を確保しようと試みている。
代表的なジャンルでは、EAIのようにシステム間連携を行う場合のメッセージキューとして用いられるなど。
XMLがコモディティー化した現在、XMLを活用したシステムは増大してきている。特に注目されているのがSOX法に代表されるドキュメント管理の領域である。今後のドキュメント管理はXMLが主体になることは間違いなく、文書構造をそのまま利用できるXMLデータベースは成長するであろう。
また、マイクロソフト2007 Office systemが標準の保存形式としてXMLを採用することもドキュメント管理の分野でXMLデータベースが成長する要因であろう。
