スーパー (super-) の代わりに使った場合は、スーパーよりも程度が苛烈であることを意味する。この場合、日本語ではスーパーを「超」、ハイパーを「極超」と訳す。たとえば、スーパーソニック (supersonic) = 超音速に対し、ハイパーソニック (hypersonic) = 極超音速はマッハ約5以上の高速を意味する。
幾何学では、次元数が任意であることを意味する。3次元以下では別の言い方があるため4次元以上の場合に使うことが多いが、4次元以上に限定されるものではない。この場合、日本語では「超」と訳す。たとえば、ハイパーキューブ (hypercube) = 超立方体は、任意の次元での立方体に相当する図形を意味する。任意の次元について述べていることが自明なときは、ハイパーが外される語もある。
素粒子物理学では、粒子にストレンジネスがあること、つまり、ストレンジクォークまたは反ストレンジクォークを含むことを意味する。たとえば、ハイパー核はストレンジネスがある原子核である。この意味のハイパーは訳さない。
反義の接頭辞にハイポ (hypo-) がある。この場合も、「極超」の正反対で「次亜」と訳され、化合物で酸化数が極度に小さいことを意味する。
誤解として、語感からhigh（高）とsuper（スーパー、超）を組み合わせた単語と解説されることもあるが（つまりsuperより更に上）、実際にはラテン語のsuperと同語源である。