その後、アーヘン、ウィーン、シュテッティン、ハンブルクで保安警察とSD(親衛隊情報部)の指揮官を務めた。1941年6月から1942年7月にかけてアインザッツグルッペンD(司令官オットー・オーレンドルフ)隷下のアインザッツコマンド10aの隊長となった。彼の部隊はソ連南部で虐殺を行なっていた。1942年8月からはカッセルの保安警察及びSD監査官(ドイツ語版)(Inspekteur der Sicherheitspolizei und des SD 略称IdS)に就任している。続いて1943年春からはブレスラウのIdSとなる。1944年4月28日から1944年8月にかけてアインザッツグルッペンBの司令官に任じられ、ベラルーシでの虐殺を指揮した。アインザッツグルッペンB はスモレンスクとミンスクで13万4000人以上の虐殺を行った。この任務と併行してベラルーシの保安警察及びSD司令官(Kommandeur der Sicherheitspolizei und des SD 略称KdS)にも任じられた。
Lawrence D. Stokes: Heinz Seetzen - Chef des Sonderkommandos 10a. In: Klaus-Michael Mallmann, Gerhard Paul (Hrsg): Karrieren der Gewalt. Nationalsozialistische Täterbiographien Wissenschaftliche Buchgesellschaft, Darmstadt 2004, ISBN 3-534-16654-X
Ernst Klee: Das Personenlexikon zum Dritten Reich. Fischer, Frankfurt am Main 2007. ISBN 978-3-596-16048-8. (Aktualisierte 2. Auflage)