バックエンドデータベース (英: back-end database)は、データベース自体に格納されているアプリケーションプログラミングや、データの低レベルの操作（SQLコマンドなど）ではなく、外部アプリケーションを介してユーザーが間接的にアクセスするデータベースである。
バックエンドデータベースにはデータが保存されるが、保存されたクエリ、フォーム、マクロ、レポートなどのエンドユーザーアプリケーション要素は含まれない。
バックエンドデータベースの概念は、1989年にマイクロソフトによって発明された。