当時の作曲家にはよくあるように、生涯について詳しいことはほとんど分かっていない。どうやらマントヴァで育ったらしいが、私信において自分はヴェローナ出身であると述べている。1500年ごろまでマントヴァを生活と活動の拠点としたが、とりわけ難局にあたって、フェラーラやエステ、ヴィチェンツァ、ミラノ、パヴィアのような近隣都市を随時おとずれている。たとえば1495年には、よく分からない理由からマントヴァから逃げ出したが、その年の内に戻っている。1499年に、妻と浮気相手との濡れ場を押さえて、報復のために殺したが、1世紀のちのジェズアルドと違って、間男のことは許したようである(ただし事件の詳細について史料ごとに食い違いが見られる)。奇妙なことに、トロンボンチーノは、数々の悪事を何度も何度も許されたが、それでも主人であるゴンザーガ家の書簡の中で触れられたところによると、またもやマントヴァを「許可なく、卑しむべき理由のために」後にした。トロンボンチーノは、作曲家としての技能のために、当時の芸術界の最大の庇護者の一人であるイザベラ・デステに、おそらく可愛がられたらしい。彼女とのつながりのために、おそらく数々の殺人や不品行がもみ消されたのかもしれない。
1502年にトロンボンチーノは、悪名高いルクレツィア・ボルジアに雇われフェラーラに赴き、ルクレツィアとアルフォンソ1世・デステ公爵の婚礼に向けて、彼女の宮廷楽団のために作曲した幕間劇(インテルメディオ)によって名を揚げる。1521年より前にヴェネツィアに移り、どうやら心静かに余生を過ごしたようである。