パンドラ・プロジェクト

北アフリカにあるアメリカ軍のブラボー実験場が、謎の部隊に襲撃され「パンドラ・プロジェクト」とよばれる兵器実験に使われている、生物だけを殺す中性子爆弾が盗まれてしまう。CIA長官のギャレット・ハウトマンは、爆弾を唯一無力化できるマーティン・アドラーに連絡するが、アドラーはその部隊に消されてしまう。緊急事態として、ハウトマンは爆弾を取り戻せる人物としてジョン・レイシーを呼び出す。

ジョンはハウトマンから、部隊のリーダーがウィリアム・ステンウィックという、ジョンと同じ部隊に属していた男であると知らされる。その頃ステンウィックは、エンリケ・グティエレス中性子爆弾の売買を持ちかけていた。しかしエンリケは信用できないといい、ステンウィックはデモンストレーションを見てから考えるよう話す。ジョンはある村に向かうが、すでに中性子爆弾のデモンストレーションが実行され、村人全員が殺された後だった。そこにきた盗人の1人から、部隊のジープが北に向かったと聞き、そのエンリケの屋敷を目指す。その屋敷では、エンリケがステンウィックを脅して中性子爆弾を奪おうとしたが、逆に彼の部下に撃たれる。そして侵入者を探していた彼の部下がジョンを見つけ、ステンウィックに報告する。ステンウィックに再会したジョンは、彼から自分のやってきた任務記録が抹消された上に、職を追われたため中性子爆弾を売って金を稼ぎ、政府に対して復讐を果たす目的があると聞かされる。ジョンも計画に誘われるが拒み、爆弾を回収しにステンウィックに教えられた屋敷に侵入する。だがそれは罠で、すでにステンウィックらは撤収し、屋敷には爆弾が仕掛けられ爆破される。間一髪で脱出したジョンは、恋人でニュースキャスターのウェンディ・レーンの家に行き、電話でハウトマンにステンウィックから言われたことを話し、本当のことを言ってもらわない限り任務は続行しないと伝え、ハウトマンから詳細を聞く。

その後ステンウィックは、自分を追い込んだ女性議員を殺し、ジョンは彼との対決を決意する。