ポーランド・カトリック教会は、アメリカ合衆国のポーランド国民カトリック教会（PNCC）に属していたカトリック移民の帰国によって、1900年代初期にポーランドで形成された。
1945年、ポーランドの共産主義当局は、指導者の司教がアメリカ市民権を持っていたため、ポーランド国カトリック教会を認めなかった。共産主義者からの圧力を受けたPNCCのポーランド教区は、PNCCからの独立を宣言した。1951年に名称をポーランド・カトリック教会に変更した。そして、教会の指導者は共産主義当局によって選ばれた。
2000年5月26日に、ポーランド・カトリック教会とポーランドのローマ・カトリック教会は協力関係を結んだ。
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