その後、奨学金を受け、ヨーロッパ南部の植物地理学を研究し、ジュネーブのオーギュスタン・ピラミュ・ドゥ・カンドールを訪れた。国王フレデリク6世に、才能や成果を認められて、1821年にコペンハーゲン大学の非常勤の教授に任じられた。翌年、主著の『一般植物地理学の基本』("Grundtræk til en almindelig Plantegeographie")を発表した。1841年にホネアマンが没した後、常勤の教授となり、コペンハーゲン大学植物園の園長職も継いだ。
Christensen, Carl (1932) Joakim Frederik Schouw, pp.100–103 in: Meisen, V. Prominent Danish Scientists through the Ages. University Library of Copenhagen 450th Anniversary. Levin & Munksgaard, Copenhagen.