特定の基質と反応して発光あるいは発色する酵素や、励起光によって蛍光（フォトルミネセンス）を発する蛍光蛋白質が、レポーター遺伝子から作られる。この光や色を測定することで、組換え遺伝子の発現を見ることができる。
レポーター遺伝子は、ある遺伝子のプロモーターの下流に連結し、その融合遺伝子の産生物の活性を測定する事によって元の遺伝子の発現の有無や、その発現の強さを知るために用いられる。
また、逆にレポーター遺伝子の上流にランダムなDNA断片を挿入し、プロモーター活性をもつ配列を検索するためにも用いられている。