資格取得にあたっては、健康・体力づくり事業財団が開催する健康運動指導士養成講座、もしくは同財団から健康運動指導士養成校として認定を受けた大学などに設置された養成講座を受講する。養成講座では、運動生理学をはじめ栄養学やバイオメカニクス、トレーニング、糖尿病などに関する講義、ウォーキングやエアロビクスダンス、水泳といったフィットネス、運動プログラムの作成などの実習が含まれる。養成講座を修了後に受験できる認定試験に合格したのち、健康運動指導士台帳に登録する。登録の有効期間は5年間で、所定の講習を受講することで更新できる。