北カフカーズ統合軍集団は、1999年9月23日付「ロシア連邦北カフカーズ地域領域における対テロ作戦の有効性の向上に関する措置に関する」大統領令に基づき編成された。統合軍集団には、ロシア連邦軍の外、国内軍、内務機関（警察）、民間防衛軍、連邦保安庁（FSB）、国境軍、鉄道軍、連邦政府・通信局（FAPSI）の部隊が編入された。1999年12月26日、統合軍集団は任務に着手した。
統合軍集団創設当初、司令官には、ロシア連邦軍の将官が任命されていたが、チェチェンでの活動が軍事作戦から治安維持に転移したことに従い、2003年9月、国内軍副総司令官が任命された。以後、統合軍集団は、国内軍の北カフカーズ国内軍管区の指揮下にある。
訓練施設として、クラスノダール地方に、特殊任務・偵察部隊山岳訓練センター「ハツァヴィータ」（ロシア語: Хацавита）が存在する。教育期間は25日間で、毎年1,500人の国内軍軍人が教育を受けている。