市進学院に在籍していた生徒は入会金なしで入学できる。3月スタート、2月終了（ただし、高3の地歴と理科は2月からスタートする）。授業は1～1.5ヶ月を一つの単位とする「ターム」で区切られている。
中1～高2までの学年の授業は、原則として「カンフェリー」と呼ばれる生徒の進路相談を担当する人が兼任する。高3は非常勤講師が授業を持つ。どの学年もオリジナルの問題集で授業をするが、中1･2向けのテキストは市進学院のものと共通の部分もある。
「ウイングネット」という映像講座もあり、どの時間帯でも授業を受講することができる。欠席授業の振り替えにも利用したり、他学年の授業を受けることも可能。（例として高2の生徒が高3の物理を取るなど）。なお、一部の校舎では設置していないクラス、科目がある。
東大受験生だけでなく、一般の歴史愛好家からも高い評価を受けたベストセラー「東大のディープな日本史」（中経出版）の著者、相澤 理氏（東京大学文学部卒）は、市進予備校prep15水道橋校の講師を務めていた時期があり、数多くの東大合格者を輩出した（出典：「東大のディープな日本史」の268ページ）。