底質を浚渫して陸上に上げると土壌となる。底質は土壌の一部であるという考え方もあるが、統一されていない。
しかし、底質汚染が土壌汚染と比べて健康リスクは高いが、[要出典]人の健康の保護に関する水質環境基準に定められている物質について、地下水の水質汚濁に係る環境基準や、土壌の汚染に係る環境基準が定められているのに対し、現在底質の環境基準は定められていない。
なお、土壌の汚染に係る環境基準は、汚染された土壌から地下水等への溶出の観点から上記の溶出量の基準が定められているほか、農作物に対する影響および農作物に蓄積して人の健康に影響を及ぼす観点から含有量の基準が定められている。
ダイオキシン類については、土壌環境基準値が1,000pg-TEQ/gとなっており、底質環境基準値がその15%となっている。
平成14年に港湾底泥調査が国の機関により実施され、重金属濃度と底生生物の種類数との相関関係が公開されている。底生生物の種類が比較的豊富である限界の濃度であるERLの含有量値を下記に示す。
- 水銀：0.1mg/kg乾泥
- カドミウム：1mg/kg乾泥
- 銅：34mg/kg乾泥
- 鉛：46.7mg/kg乾泥
- ニッケル：20mg/kg乾泥
- クロム：80mg/kg乾泥
- 亜鉛：150mg/kg乾泥
特に、カドミウム・鉛・水銀についてはERLを超過した底質には底生生物が激減することが公開されている。含有量値と溶出量値との明確な相関関係は認められないが、底生生物が水生生物と同程度の感受性を持ち、エラからの吸収による影響が主体的であれば水産用水基準（水質環境基準の近似値）が一つの目標となる。[要出典]
- ERL（effects range-low）：悪影響があるとした報告例のうち低濃度側から10 パーセンタイル値の濃度（最小影響範囲：底生生物の種類が豊富である限界の濃度）
- ERM（effects range-median）：悪影響があるとした報告例のうち低濃度側から10 パーセンタイル値の濃度（確実な影響範囲：底生生物がほとんどいない濃度）
- ERL以上ERM未満の濃度は潜在影響範囲と呼ばれている。
この手法は底質評価のガイドライン値を提供するものであり、カナダ国家底質ガイドラインおよび、フロリダ州の底質ガイドライン開発の基礎として利用されているほかロサンゼルス・ロングビーチ港で適用されている。
前述したERLにおける含有量値と溶出量値との明確な相関関係は認められないが、底生生物が水生生物と同程度の感受性を持ち、エラからの吸収による影響が主体的であれば水産用水基準（水質環境基準の近似値）が一つの目標となる。[要出典]なお、亜鉛の水生生物保全のための環境基準は0.02mg/Lである。また、河川や港湾の底から地下水へ浸透しているので、地下水の環境基準を基本とした土壌環境基準を底質の環境基準として取り組んでる。[要出典]