慶長3年（1598年）、山内一豊の弟・康豊の三男として誕生した。
高岡郡佐川土居付家老の深尾重良の養子となる。寛永7年（1630年）、養父が隠居して家督を継ぐ。なお、重良には養子・重忠がいたが、藩命により重昌が継承することとなり、後に重忠は南宗深尾家を興している。
重昌は藩主一門や筆頭家老として藩政に重大な関係を持った。特に奉行・野中兼山に対しては、その藩政改革が行き詰まりを見せ、上士から不満を持たれていたため、藩主が山内忠豊に代わると、子・因幡重照や娘婿で家老の山内豊吉と共に連名で、3箇条の訴書を側近の孕石元政、生駒木工を通じて藩主の忠豊に提出し、兼山を失脚させるきっかけを作った。
寛文12年（1672年）、死去した。