室町時代に桃井直常の流れをくむ桃井兵庫助直信の嫡男景信が能登国輪島に勢力を持つ領主（藤姓）温井景直に迎えられ桃井から温井へと姓を改めた。
元々の温井氏の祖は東福寺の塔頭である栗棘庵（りっきょくあん）再興の開祖覚山空性（能登の温井氏、実名不詳）といわれ、能登に残された棟札などから藤原姓とされる。
総領が直信以来の「兵庫助」を世襲する温井氏は、やがて能登の守護となった畠山氏の被官となった。
能登畠山氏が最盛期を迎えた畠山義総の頃（16世紀前半）に重臣として、その治世を支えた温井総貞が畠山七人衆の地位を築くに至った。
その七人衆での権力闘争に陥ると、政敵・遊佐続光を一時的に退けて筆頭となったことで、かえって疎まれた総貞は、今度は主権回復を目論む畠山義綱（義総の孫）による上意討ちに遭い、命を失った。
遺族は七人衆の同輩・三宅氏の支援を得て弘治の内乱を引き起こすも、主君・義綱軍の中核となった遊佐氏と長氏によって3度の蜂起を鎮圧され、そのたびに総貞の弟や長男などを失って加賀国へ落ち延びた。
やがて主君の義続・義綱父子を国外追放した遊佐続光と和解し、能登へ帰参したが、往時の威勢を取り戻すには至らなかった。
他一族の生き残った者の一部は上杉謙信らに使えて米沢藩士となって明治維新まで残った。
