上杉謙信死後の跡目争いである御館の乱において、同一家中による激しい戦闘が行われた悲劇の城である。旧城主である柿崎家の当時の当主であった柿崎晴家は乱勃発当初から上杉景虎を支持。また、上杉景勝から柿崎家復興を約束を受けた旧臣は晴家の子である柿崎憲家を立てて景勝側に付いた。このことにより旧臣が2派に分かれて戦うこととなった。
当時は同族での争いや家臣の分裂は珍しいものではなかったが、両派共にお家復興という大きな名目があったため、破れた側の景虎支持勢が全滅するといった、同種の家中での戦いの中ではかつて無いほどの激しい同士討ちとなった。
勝った憲家は約束どおり柿崎家を復興させ、旧領に復帰した。
城山山頂（本丸跡）には双方の遺体を葬ったとされる塚と祀った祠が残されている。