ミサイル宇宙防衛軍は、ミサイル攻撃警戒師団、宇宙空間管制師団、対ミサイル防衛師団の3個師団から成る。
第1ミサイル攻撃警戒師団（1-я дивизия предупреждения о ракетном нападении）は、敵のミサイル攻撃の警戒を任務と詩、9個独立電波技術拠点から成る。その内、5個拠点は、ロシア国外に存在する。各拠点の位置と装備レーダーは、以下の通り。
- オレネゴルスク：ドニエストル-M/ドニエプル、ダウガワ
- ミシェレフカ：ドニエストル、ドニエストル-M/ドニエプル×2基
- バルハシュ（カザフスタン）：ドニエストル、ドニエストル-M/ドニエプル×2基
- セヴァストポリ（ウクライナ）：ドニエプル
- ムカチェヴォ（ウクライナ）：ドニエプル
- ペチョーラ：ダリヤル
- ガバラ（アゼルバイジャン）：ダリヤル
- バラノヴィッチ（ベラルーシ）：ヴォルガ
- レフトゥシ：ヴォロネジ-DM
第45宇宙空間管制師団（45-я дивизия контроля космического пространства）は、低軌道衛星の発見、そのパラメータの測定を任務としている。
師団は、高度4万mまでの物体を発見できる光学・電子複合体アクノーをヌレク（タジキスタン）で運用している。また、北カフカーズのゼレンチュクスカヤでは、デシメートル波とセンチメートル波を専門とする独立電波拠点が活動している。
宇宙物体の発見と追跡には、ロシア科学アカデミーも参加している。
第9対ミサイル防衛師団（9-я дивизия противоракетной обороны）は、モスクワを標的とする弾道ミサイルの迎撃を任務とし、A-135対ミサイル防衛システムを運用している。師団は、指揮・測定所、3個独立電波拠点（ドン-2Nレーダーを装備）、7個対ミサイル発射陣地から成る。
対ミサイル発射陣地は、大気圏内迎撃用の53T6（Gazelle；68発）と大気圏外迎撃用の51T6（Gorgon；32発）を運用している。各陣地の位置と装備ミサイルは、以下の通り。
- ナロ・フォミンスク：51T6×16発
- セルギエフ・パサード：51T6×16発
- ルイトカリノ：53T6×16発
- スホードニャ：53T6×16発
- コロレフ：53T6×12発
- ヴヌーコヴォ：53T6×12発
- ソフリノ：53T6×12発