1968年（昭和42年）、滋賀県に生まれる。1987年（昭和62年）、滋賀県立彦根東高等学校を卒業し、東京理科大学工学部に入学した。
1993年（平成5年）、東京理科大学工学部第一部建築学科を卒業。2年後の1995年（平成7年）には東京理科大学大学院工学研究科建築学専攻修士課程を修了。同年から2000年（平成12年）まで、妹島和世建築設計事務所に勤務した。
2002年（平成14年）にフリーの写真家としての活動を始め、翌年2003年（平成15年）には細矢仁建築設計事務所および細矢仁写真事務所を設立した。