平凡な高校生・マサトは隣家に住む従姉妹のルミナと下校する途中、喫茶店に立ち寄っていた。ところが、ルミナは「急用を思い出した」と言ってマサトを置いて喫茶店を飛び出してしまう。
ルミナの様子が普段と違うことを不審に思いつつ帰宅したマサトは突然、自宅に上がり込んでいたルミナに銃を向けられる。そこへもう1人のルミナが現れ、自分の命を狙っていた方のルミナに弾丸を命中させると被弾したルミナは跡形も無く消失してしまう。
自分の従姉妹だと思っていたルミナ――「ルミナ1」は、実は未来世界から来たボディーガードだと正体を明かす。将来、医学界を揺るがす大発明を行うマサトの命を狙う刺客が未来世界から6体送り込まれ、マサトの目の前で消失したルミナ4は5体目の人造人間（エムノイド）なのだという。そして、残り1体のエムノイド・ルミナ2とルミナ1の決戦が始まるのだが…。
