船舶登記は日本船舶で総トン数が20トン以上の船舶(大型船舶)が対象であり、総トン数20トン未満の船舶(小型船舶)や櫓櫂船(主として櫓櫂により運転する舟を含む)には適用されない(商法第686条2項、船舶法第20条、船舶法第5条1項)。
日本船舶の所有者は船舶登記の手続後、船籍港を管轄する管海官庁の船舶原簿に登録する必要があり(船舶法第5条1項)、この船舶登録の手続後に管海官庁から船舶国籍証書が交付されることになる (船舶法第5条2項)。
なお、船舶登記を要する船舶を登記船(登簿船)、船舶登記を要しない船舶を不登記船(不登簿船)という。