『読史余論』は3巻から成る。第1巻の最初に総論を置き、日本における「天下の大勢」が藤原政権成立後、「九変」して武家の時代となり、さらに「五変」して徳川政権の成立を見たという全体の構想、すなわち｢天下九変五変説｣を述べる。摂関政治の開始を境界線とし、「上古」とそれ以後の時代に区分する方法は『神皇正統記』を援用したと考えられる。
白石は歴史の発展を「大勢」と考え、この体制の転換を「変」と表現した。この変をうながす原動力として徳・不徳という儒教観念を用い、政治実権が天皇から摂関家・上皇・源氏・北条氏へと移っていった経緯を述べる。白石は中世日本の政治史を、公家勢力と武家勢力の対立ととらえ、その上に儀礼的存在として天皇があるものと考えた。第1巻では公家が次第に衰退する過程を中心とし、第2巻では上古にさかのぼって武家の成立と勃興の大勢を述べ、第1巻の6・7・8・9の「変」は第2巻の1・2の「変」と時代的に重複する。これは日本の天皇・公家・武家の三重の政治体制に由来する盛衰交替を叙述するために白石が編み出した方法である。
本文のあらゆるところで「按ずるに」として重要事件や人物に批評を加え、将軍家宣の施政への参考として提供し、政治的な戒めとしているところもこの書の特徴である。
