Cpf1
Proteinfamilie
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Cpf1 (von CRISPR-associated endonuclease in Prevotella and Francisella 1, auch Cas12a) ist eine Endonuklease und ein Ribonukleoprotein aus der antiviralen Abwehr CRISPR in den Bakteriengattungen Prevotella und Francisella.
| CRISPR-associated endonuclease Cpf1 | ||
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| Andere Namen |
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| Masse/Länge Primärstruktur | 1.300 Aminosäuren, 151.915 Da | |
| Bezeichner | ||
| Externe IDs | ||
| Enzymklassifikation | ||
| EC, Kategorie | 3.1.-.- | |
| Orthologe | ||
| Francisella novicida | Prevotella ruminicola | |
| Entrez | NV | NV |
| UniProt | A0Q7Q2 | A0A1M7G246 |
| PubMed-Suche | NV | NV
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Eigenschaften
Cpf1 ist eine Endonuklease, die eine einzelsträngige gRNA bindet und anschließend eine zur gRNA komplementäre DNA bindet und schneidet. Daneben schneidet Cpf1 auch gRNA-Vorläufer zu aktiver gRNA.[1] Wenn Cpf1 in E. coli exprimiert wird, werden Plasmide mit homologen DNA-Sequenzen zum ersten CRISPR-Spacer geschnitten und abgebaut. Cpf1 schneidet dsDNA und erzeugt ein sticky end mit einem 5'-Überhang von vier oder fünf Nukleotiden in einem Abstand zwischen 18 bzw. 22 bis 23 Nukleotiden nach dem Protospacer Adjacent Motif mit der Sequenz 5'-TTTV-3' (wobei V für C, G oder A steht).[1][2] Daneben werden auch C-enthaltende PAM mit abweichender Sequenz gebunden[3], jedoch mit geringerer Effizienz.[1]
Anwendungen
Das Cpf1 wird im CRISPR/Cpf1-System zum Genome Editing verwendet. Durch den Schnitt von gRNA können mehrere verschiedene gRNA aus einer mRNA erzeugt werden, was das gleichzeitige Schneiden mehrerer DNA-Sequenzen (Multiplex Genome Editing) erleichtert.[4] Durch Protein-Engineering wurden verschiedene Varianten von Cpf1 erzeugt, die andere PAM binden.[5][6]