Genome Taxonomy Database
Online-Datenbank
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Die Genome Taxonomy Database (GTDB) ist eine Online-Datenbank, die Informationen über eine vorgeschlagene Nomenklatur von Prokaryonten enthält. Der Ansatz basiert dabei auf einer Genom-gestützten Phylogenie, die auf einer Reihe von konservierten Single-Copy-Proteinen beruht. Bei dieser Methode werden nicht nur paraphyletische Gruppen aufgelöst, sondern auch die taxonomischen Ränge algorithmisch neu zugewiesen, wobei in beiden Fällen neue provisorische Namen entstehen.[1] Im Jahr 2020 wurden Informationen über Archaeen sowie eine auf der durchschnittlichen Nukleotididentität basierende Artenklassifizierung hinzugefügt.[2] Bei jeder Aktualisierung werden neue Genome sowie händische (menschengemachte) Anpassungen der Taxonomie berücksichtigt.[3]
| Genome Taxonomy Database | |
|---|---|
| Kategorie: | Bioinformatik |
| Träger: | Australian Centre for Ecogenomics, University of Queensland |
| Sitz des Trägers: | Queensland, Australien |
| Leitung: | Phil Hugenholtz, Maria Chuvochina, Christian Rinke |
| Anmerkung: | PMID 30148503 |
| Homepage: | https://gtdb.ecogenomic.org/ |
Für die Einordnung von Genom-Entwürfen (englisch draft genomes) in die GTDB-Hierarchie steht ein Open-Source-Tool namens GTDB-Tk zur Verfügung.[4] Das GTDB-System wurde über GTDB-Tk zur Katalogisierung noch nicht benannter Bakterien im menschlichen Darmmikrobiom und in anderen metagenomischen Quellen verwendet.[5][6]
Die GTDB wurde 2019 in das Bergey’s Manual of Systematics of Archaea and Bacteria als phylogenomische Ressource aufgenommen.[7]
AnnoTree
AnnoTree ermöglicht eine graphische Visualisierung der GTDB seit Release 03-RS86.[8]
Siehe auch
- PhyloCode
- SILVA ribosomal RNA database
- List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature (LPSN)
- National Center for Biotechnology Information (NCBI): Taxonomy Browser
- Lifemap – Graphische Darstellung der NCBI-Taxonomie zellulärer Organismen
- OneZoom
Weblinks und Literatur
- Jonathan A. Eisen: Story Behind the Nature Paper on 'A phylogeny driven genomic encyclopedia of bacteria & archaea'. In: The Tree of Life (Blog auf blogspot.com), U. C. Davis
- 65 000 Mikroben erhalten neue Namen. Auf: VBiO. Quelle: Universität Innsbruck.
- Mark John Pallen, Nabil-Fareed Alikhan, Luis M. Rodríguez-R: Naming the unnamed: Over 65,000 Candidatus names for unnamed Archaea and Bacteria in the Genome Taxonomy Database. In: International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, Band 72, Nr. 9, 20. September 2022; doi:10.1099/ijsem.0.005482, PMID 36125864, ResearchGate:363695508 (englisch). Dazu:
- Corrigendum, 12. Mai 2023: doi:10.1099/ijsem.0.005885.
- Version 2.0.0, 27. April 2022; doi:10.5281/zenodo.6477137, mit Protologues built from named genera.
- Brian P. Hedlund, Maria Chuvochina, Philip Hugenholtz, Konstantinos T. Konstantinidis, Alison E. Murray, Marike Palmer, Donovan H. Parks, Alexander J. Probst, Anna-Louise Reysenbach, Luis M. Rodríguez-R, Ramon Rossello-Mora, Iain C. Sutcliffe, Stephanus N. Venter, William B. Whitman: SeqCode: a nomenclatural code for prokaryotes described from sequence data. In: Nature Microbiology, Band 7, 19. September 2022, S. 1702–1708; doi:10.1038/s41564-022-01214-9 (englisch).
- Robert A. Sanford, Karen G. Lloyd, Konstantinos T. Konstantinidis, Frank E. Löffler: Microbial Taxonomy Run Amok. In: Trends in Microbiology, Band 29, Nr. 5, Mai 2021, S. 394–404; 10.1016/j.tim.2020.12.010 (englisch).
