Liste von sequenzierten Genomen

Wikimedia-Liste From Wikipedia, the free encyclopedia

Diese Liste von sequenzierten Genomen umfasst Genome der Eukaryoten - Lebewesen mit - und Prokaryoten - Lebewesen ohne Zellkern - als auch ihrer Viren, deren Genom vollständig sequenziert wurden.

Backhefe
Der Fadenwurm Caenorhabditis elegans unter dem Mikroskop.

Das kleine zirkuläre und einzelsträngige DNS-Genom (sscccDNA) des φX174 Bakteriophagen von nur wenigen tausend Nukleotiden (5386 Basenpaare, bp) wurde erstmals 1977 von Frederick Sanger sequenziert, welches bedeutet, dass seine Nukleotidsequenz mit Hilfe von Sanger-DNS-Sequenzierung erstmalig vollständig ermittelt werden konnte. Nach und nach wurde die DNS von ganzen Chromosomen und Genomen komplexer Lebewesen sequenziert. Die erste Sequenzierung des vollständigen Genoms eines Lebewesens gelang 1995 mit dem Bakterium Haemophilus influenzae. Die so ermittelten Basensequenzen werden über das Internet, unter anderem vom NCBI, bereitgestellt.

1996 wurde mit der Backhefe (Saccharomyces cerevisiae), die zu den Pilzen gehört, das erste Genom eines Eukaryonten veröffentlicht und 1998 wurde mit dem zu den Tieren gehörenden Fadenwurm Caenorhabditis elegans das erste Genom eines Mehrzellers veröffentlicht.

Die Forschung konzentrierte sich zunächst auf die Sequenzierung von Organismen, die entweder für die Grundlagenforschung oder die für die anwendungsorientierte, medizinisch-pharmazeutische Forschung von besonderem Interesse sind. Solche eukaryontische Organismen sind in dieser Liste zu finden. Mit dem Fortschritt der Technik wurde die Sequenzierung immer schneller, einfacher und somit auch günstiger, so dass inzwischen das Genom von über 50.000 (Stand: 2020) verschiedenen Organismen analysiert werden konnte.

Die Sequenz von Genen und Genomen kann genutzt werden um Konservierung dieser festzustellen und basierend darauf die physiologischen Wichtigkeit einiger Gene und deren RNSn und Proteinen als auch relative Alter der Gene und somit der Spezies zu klären.[1]

Eukaryonten

Die Genome eukaryotisches Lebens sind für human-zentrierte Forschung besonders notwendig, da der Mensch selber Teil dieser Domäne ist.

Unikonta

Fungi - Pilze

Aufgelistet sind die fünf Pilze, deren Genom zuerst sequenziert wurde.

Weitere Informationen Organismus, Typ ...
Organismus Typ Relevanz Größe des Genoms vorhergesagte Anzahl von Genen Organisation Jahr der Sequenzierung Bild
Saccharomyces cerevisiae
Strain:S288C
Backhefe Backhefe; Modellorganismus Eukaryont 12.1 Mb 6 294[2] International Collaboration for the Yeast Genome Sequencing[3] 1996[2]
Encephalitozoon cuniculi Microsporidium Humanpathogen 2.9 Mb 1 997[4] Genoscope und Université Blaise Pascal 2001[4]
Schizosaccharomyces pombe
Strain:972h-
Spalthefen Modellorganismus Eukaryont 14 Mb 4 824[5] Sanger Institute und Cold Spring Harbor Laboratory 2002[5]
Neurospora crassa Sordariomycetes Modellorganismus Eukaryont 40 Mb 10 082[6] Broad Institute, Oregon Health, Science University, University of Kentucky und die University of Kansas 2003[6]
Phanerochaete chrysosporium
Strain:RP78
Stielporlingsartiger Holzpilz für Verrottung, wird für Bioremediation verwendet 30 Mb 11 777[7] Joint Genome Institute 2004[7]
Schließen

Animalia - Tiere

Aufgelistet sind die vier Tiere, deren Genom zuerst sequenziert wurde. Außerdem sind Säugetiere, deren Genom vor 2010 sequenziert wurde und weitere wichtige Modellorganismen in die Liste aufgenommen.

Weitere Informationen Organismus, Typ ...
Organismus Typ Relevanz Größe des Genoms vorhergesagte Anzahl von Genen Organisation / Bemerkung Jahr der Sequenzierung Bild
Caenorhabditis elegans
Strain:Bristol N2
Nematode Modellorganismus Tier 100 Mb 19 000[8] Washington University und das Sanger Institute 1998[8]
Drosophila melanogaster Fruchtfliege Modellorganismus Tier 165 Mb 13 600[9] Celera, UC Berkeley, Baylor College of Medicine, European DGP 2000[9]
Homo sapiens Primaten Mensch 3.2 Gb[10] 18 826 (CCDS consortium) Human Genome Project Consortium und Celera Genomics 2001 Entwurf[11][12]
2006 Vollständig[13]
Anopheles gambiae
Strain: PEST
Stechmücke Verbreitung von Malaria 278 Mb 13 683[14] Celera Genomics und Genoscope 2002[14]
Takifugu rubripes Kugelfisch Wirbeltier mit kleinem Genom, japanischer Kugelfisch 390 Mb 22 000 – 29 000[15] International Fugu Genome Consortium 2002[16]
Mus musculus
Strain: C57BL/6J
Nagetiere Hausmaus ca. 3 Gb 24 000 2002[17][18]
Rattus norvegicus Nagetiere Wanderratte 2.8 Gb 2004 Entwurf[19]
Pan troglodytes Primaten Schimpanse 3.3 Gb 2005[20][21]
Canis familiaris Canidae Haushund 2.5 Gb 19 300 2005[22][23]
Ornithorhynchus anatinus Säugetier Schnabeltier 1.9 Gb 18 600 2007 Entwurf[24]

2021 vollständig[25]

Monodelphis domestica Beuteltiere Haus-Spitzmausbeutelratte 18 000–20 000 Gene[26] MIT und Harvard 2007[27]
Macaca mulatta Primaten Rhesusaffe 3.1 Gb 30 000 2007[28][29]
Felis catus Felidae Hauskatze 2.7 Gb 20 000 2007[30]
Wollhaarmammut Elephantidae Erste Sequenzierung des Genoms einer ausgestorbenen Tierart. > 4Gb 2008 rund 70 Prozent der Erbinformation entschlüsselt, 2015 komplettes Genom[31] 2008[32]
Loxodonta africana Elephantidae Afrikanischer Elefant 2009[33]
Equus caballus Unpaarhufer Hauspferd 2.5 Gb 2009[34][35][36]
Bos primigenius taurus Paarhufer Hausrind 2.7 Gb[37] 22 000.[38] National Institutes of Health und das US Department of Agriculture 2009[39]
Danio rerio Cypriniformes Zebrafisch,
Modellorganismus Tier
1.5 Gb[40] 26 000[41] 2013[41]
Xenopus laevis Anura Krallenfrosch, historischer Modellorganismus für embryonale Entwicklung 2.7 Gb[42] 44 456[42] 2021[42]
Schließen

Archaeplastida

Plantae - Pflanzen

Aufgelistet sind die drei Pflanzen, deren Genome zuerst sequenziert wurden.

Weitere Informationen Organism, Typ ...
Organism Typ Relevanz Größe des Genoms Anzahl Chromosomen vorhergesagte Anzahl von Genen Organisation Jahr der Sequenzierung Bild
Arabidopsis thaliana
Ecotype:Columbia
Kreuzblütlerartige, Acker-Schmalwand Modellorganismus, Unkraut 135 Mb[43] 5 25 498,[44] Arabidopsis Genome Initiative[45] 2000[44]
Acker-Schmalwand
Acker-Schmalwand
Oryza sativa
ssp indica
Süßgrasartige, Reis Feldfrucht und Modellorganismus 420 Mb 12 32 000–50 000[46] Beijing Genomics Institute, Zhejiang University und Chinese Academy of Sciences 2002[46]
Westliche Balsam-Pappel Malpighienartige, Pappel Kohlenstoffsenke, Modellorganismus Baum, Nutz-Holzart und Vergleich mit A. thaliana 550 Mb 19 45 555[47] The International Poplar Genome Consortium 2006[47]
Schließen

Archaeplastida Algen

Aufgelistet sind die beiden archaeplastida Algen, deren Genome zuerst sequenziert wurden.

Weitere Informationen Organism, Typ ...
Organism Typ Relevanz Größe des Genoms Anzahl Chromosomen vorhergesagte Anzahl von Genen Organisation Jahr der Sequenzierung Bild
Cyanidioschyzon merolae
Strain:10D
Rotalge einfacher Eukaryont 16.5 Mb 20 5 331[48] University of Tokyo, Rikkyo University, Saitama University und Kumamoto University 2004[48]
Ostreococcus tauri Grünalge einfacher Eukaryont, kleines Genom 12.6 Mb 20 7 969 (UniProt) Laboratoire Arago 2006[49]
Schließen

Protisten der SAR, Excavata und Pancryptista Kladden

Protisten sind eine historische Kladde hochdiverser eukaryotischer mono- (ein-) oder selten oligo- (wenig-)zellulärer Spezies aus verschiedenen modernen Reichen.[50] Die moderne Taxonomie beruht auf genetischem Konservatismus, welches hauptsächlich durch Genom-Sequenzierung ermöglicht wurde. Mitunter aufgrund der Abstammung des multizellulären Lebens von dieser Kladde ist das Verständnis protistischer Genome notwendig, sowohl zur evolutionsbiologischen Aufklärung als auch zur Feststellung von Konservation spezifischer Nukleotidsequenzen als auch biochemischer Funktionen.[51]

Aufgelistet sind die neun nicht-archaeplastida Protisten, deren Genom zuerst sequenziert wurden.

Weitere Informationen Organismus, Typ ...
Organismus Typ Relevanz Größe des Genoms vorhergesagte Anzahl von Genen Organisation Jahr der Sequenzierung Bild
Guillardia theta Cryptomonad Modellorganismus 551 kbp
nucleomorph
(nur das Genom)
465[52] Canadian Institute of Advanced Research, Philipps-University Marburg und die University of British Columbia 2001[52]
Plasmodium falciparum
Clone:3D7
Apicomplexa Humanpathogen (Malaria) 22.9 Mb 5 268[53] Malaria Genome Project Consortium 2002[53]
Plasmodium yoelii yoelii
Strain:17XNL
Apicomplexa Nagetier-Pathogen (Malaria) 23.1 Mb 5 878[54] TIGR und NMRC 2002[54]
Cryptosporidium hominis
Strain:TU502
Apicomplexa Humanpathogen (Durchfall) 10.4 Mb 3 994[55] Virginia Commonwealth University 2004[55]
Cryptosporidium parvum
C- or genotype 2 isolate
Apicomplexa Humanpathogen (Durchfall) 16.5 Mb 3 807[56] UCSF und University of Minnesota 2004[56]
Thalassiosira pseudonana
Strain:CCMP 1335
Diatom Modellorganismus Kieselalge 34.5 Mb 11 242[57] Joint Genome Institute und die University of Washington 2004[57]
Trypanosoma cruzi
Strain:CL-Brener
Kinetoplastid Humanpathogen (Chagas) 67 Mb 22 570[58] The Institute for Genome Research (TIGR), Karolinska Institutet (KI) und Seattle Biomedical Research Institute (SBRI) 2005[58]
Trypanosoma brucei
Clone:TREU 927/4
Kinetoplastid Humanpathogen (Schlafkrankheit) 26 Mb 9 068[59] Wellcome Trust Sanger Institute und The Institute for Genome Research (TIGR) 2005[59]
Leishmania major
Strain: Friedlin
Kinetoplastid Humanpathogen (Orientbeule) 32.8 Mb 8 272[60] Wellcome Trust Sanger Institute und Seattle Biomedical Research Institute (SBRI) 2005[60]
Schließen

Prokaryota - Prokaryoten


Im Folgenden werden wichtige sequenzierte prokaryotische Genome, aufgespalten auf die beiden untergeordneten Domäne aufgelistet.

Bacteria - Bakterien

Im Folgenden werden wichtige sequenzierte Bakterien Genome aufgelistet.

Weitere Informationen Spezies, Strang ...
Spezies Strang Familie Interesse Chromosomengröße Plasmide Plasmidgröße Protein-Sequenzen Stand Projekt
Escherichia coli K-12/MG1655 Enterobacteriaceae Modellorganismus gramnegativer Bakterien, Darmflora Mensch

(Viele weitere Stränge sequenziert)

4.6 Mb 0 / 4300 2025 E. coli Genome Project (GSGSC-UW)

PRJNA57779

Yersinia pestis KIM10+ Yersiniaceae (Ordnung: Enterobacterales) Erreger der Pestilenz, größte pandemische Krankheit der festgehaltenen menschlichen Geschichte 4.6 Mb 1 101.0 kb (pMT-1) 4205 2002 GSGSC-UW

NIH-Med

Salmonella Typhi Ty2 Enterobacterales Erreger der Abdominaltyphus 4.8 Mb 0 / 2003 GSGSC-UW
Shigella flexneri 2a 2457T Enterobacteriaceae Erreger der Dysenterie 4.6 Mb 0 / 4068 2003 GSGSC-UW

NIH-Med

Mycobacterium tuberculosis HN-024/MG1655 Mycobacteriaceae 'Wichtigster' Erreger der Tuberkulose beim Menschen 4.4 Mb 0 / 4027 2017 NIH-Med
Haemophilus influenzae PittGG Pasteurellaceae Schleimhautflora Mensch & Krankheitserreger 1.9 Mb 0 / 1667 2007 NIH-Med
Streptomyces coelicolor A3(2) Streptomycetaceae Modellorganismus aus Bodenproben 8.7 Mb 2 356.0 kb (SCP1)

31.3 kb (SCP2)

8154 2003 NIH-Med
Helicobacter pylori 26695 Helicobacteraceae Erreger einiger Magenerkrankungen des Menschen 1.7 Mb 0 / 1594 2012 NIH-Med
"Aquifex aeolicus" VF5 Aquificaceae Einer von nur wenigen bekannten Vertretern des Aquificota-Stammes 1.6 Mb 1 39.5 kb 1553 2003 NIH-Med
Thermotoga

maritima

MSB8 Thermotogaceae (Stamm: Thermotogota) Einziges bekanntes fermentatives Bakterium, welches nutzbaren Wasserstoff über dem Thauer Limit freisetzt 1.9 Mb 0 / 1871 2013 NIH-Med
Schließen

Archaea - Archaeen

Im Folgenden werden wichtige sequenzierte Archaeen Genome aufgelistet.

Weitere Informationen Spezies, Strang ...
Spezies Strang Familie Interesse Chromosomengröße Plasmide Plasmidgröße Protein-Sequenzen Stand Projekt
Methanocaldococcus jannaschii DSM 2661 Methanocaldococcaceae Vermutlich erstes sequenziertes Archaeen-Genom 1.7 Mb 2 58.4 kb (pDSM2661_1)

16.6 kb (pDSM2661_2)

1770 1996 NIH-Med
Archaeoglobus fulgidus DSM4304 Archaeoglobaceae früh sequenziertes Archaeum 2.2 Mb 0 / 2407 2003

(1997)

NIH-Med
Pyrococcus horikoshii OT3 Thermococcaceae früh sequenziertes Archaeum 1.7 Mb 0 / 1857 Proteine vermutet

(von 1943 Genen)

1998 NIH-Med
Aeropyrum pernix K1 Acidilobaceae (Klasse:Thermoprotei) früh sequenziertes Archaeum 1.7 Mb 0 / 1704 Proteine vermutet

(von 1763 Genen)

1999 NIH-Med
Pyrococcus furiosus DSM 3638 Thermococcaceae früh sequenziertes Archaeum 1.9 Mb 0 / 2065 2001

(1999)

NIH-Med
Promethearchaeia archaeon unk. Lokiarchaeen s. s.

(Promethearchaeaceae)

Loki-Asgard Archaeum, ehemals angenommen nächsten Verwandten zu Eukaryoten

(jetzt nach Heimdallarchaeia)

2.8 Mb unk. unk. 2627 2025 NIH-Med(MAG)NCBI-Tax
Candidatus Freyarchaeum deiterrae unk. Freyarchaeaceae Asgard Archaeum, Evolutionsbiologisches Interesse 3.8 Mb unk. unk. 3272 2025 NIH-Med(MAG)NCBI-Tax
Schließen

Siehe auch

Einzelnachweise

Related Articles

Wikiwand AI