Microgenomatia

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Candidatus Microgenomatia ist eine Klasse von Bakterien im Phylum (Abteilung) Minisyncoccota (früher Ca. Patescibacteriota oder CPR-Gruppe genannt).^[2]^[1]^[3]

Schnelle Fakten „Candidatus, Systematik ...

„Candidatus Microgenomatia“

Systematik

Domäne:	Bakterien (Bacteria)
Reich:	Terrabakterien (Bacillati)
Stamm:	CPR-Gruppe (Minisyncoccota, Ca. Patescibacteriota)
Klasse:	„Candidatus Microgenomatia“

Wissenschaftlicher Name

„Candidatus Microgenomatia“

Herrmann et al. 2019^[1]

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Beschreibung

„Ca. Microgenomatus auricola“

Die heutige Klasse „Ca. Microgenomatia“ wurde ursprünglich als Phylum „Microgenomates“ oder Candidate division OP11 bezeichnet. Im Jahr 2013 schlugen Christian Rinke et al. für den zur „Microgenomates“-Subklade OP11-4b zugehörigen Süßwasser-Stamm (MAG]) SCGC AAA011-E14 als Referenzstamm einer neuen Kandidaten-Spezies die Bezeichnung „Ca. Microgenomatus auricola“ vor und zudem diese Spezies als Typusart für die gesamte OP11-Gruppe.^[4]

„Ca. Chazhemtonibacterium aquaticus“

Im Jahr 2020 berichteten Vitaly V. Kadnikov et al. über den von ihnen per Metagenomik sequenzierten Microgenomatia-Stamm Ch65 (MAG). Nach Vorschlag dieser Autoren dient Ch65 als Referenz für die neue Kandidaten-Spezies „Ca. Chazhemtobacterium aquaticus“ [LPSN: „Ca. Chazhemtonibacterium aquaticus“], Typusart der ebenfalls neuen Familie „Ca. Chazhemtonibacteriaceae“, mit Schwesterfamilie der GTDB-Familie f__UBA12108 [„Ca. Collierbacteraceae“]; beide in der GTDB-Ordnung o__UBA1400.^[5]^[6]^[2]

Die Ch65-Bakterien konnten zwar nicht kultiviert werden, sie leben aber ebenfalls aquatisch, da ihre DNA aus einem unterirdischen thermischen Grundwasserleiter (~ 20 °C,^{[A. 1]} pH 7.43–7.60) im 2,8 km tiefen Ölförderbohrloch 5P bei der Ortschaft Chazhemto^[7] in der Region Tomsk (Westsibirien) isoliert wurde.^[5]

Das Ch65-Genom ist 801.504 bp lang, hat 838 Protein-kodierende Gene und hat einen G+C-Gehalt von 44,80 %. Es weist eine höchst ungewöhnliche Nukleotidzusammensetzung auf, wobei ein Strang über seine gesamte Länge hinweg einen hohen Gehalt an Cytosin verglichen mit Guanin hat. Dies deutet darauf hin, dass der größte Teil des Ch65-Chromosoms in einer Richtung repliziert wird. Eine solche Asymmetrie in der Nukleotidzusammensetzung wurde allerdings auch bei den GTDB-Familien f__UBA12108 [„Ca. Collierbacteraceae“] und f__CG1-02-47-37 [„Ca. Beckwithbacteraceae“] (beide ebenfalls in der GTDB-Ordnung o__UBA1400 [„Ca. Chazhemtobacteriales“]) festgestellt.^[5]

Eine Genomanalyse ergab, dass das Ch65-Bakterium vermutlich stäbchenförmig und beweglich (motil) ist. Es hat eine anaerobe Lebensweise, d. h. es ist obligat organotroph mit einem fermentativen Stoffwechsel ist, wobei es Acetat und Laktat produzieren kann. Es verfügt aber weder über Atmungsfähigkeit noch über vollständige Stoffwechselwege für die Biosynthese von Fettsäuren/Lipiden, Aminosäuren und Nukleotiden. Der Embden-Meyerhof-Glykolyseweg und der nicht-oxidative Pentosephosphatweg sind weitgehend vollständig, allerdings wurden keine Gene für Glukokinase (GCK), 6-Phosphofructokinase (PFK1) und Transaldolase (TAL) gefunden. Dem Ch65-Bakterium fehlen sekretierte Glykosidhydrolasen und konventionelle Transporter für den Import von Zuckern und Aminosäuren.^[5]

Die aus der DNA-Sequenz vorhergesagten Stoffwechseleigenschaften weisen darauf hin, dass Ch65 entweder

von Debris („mikrobiellem Aas“) lebt und Ressourcen aus der lysierten mikrobiellen Biomasse bezieht^[5] oder
in symbiotischen (evtl. parasitären) Beziehungen zu anderen Organismen steht,^[5] wie dies für andere Klassen der Minisyncoccota (z. B.; Minisyncoccia und Saccharimonadia) nachweislich der Fall ist.^[5]

Purin-Biosynthese

Wie diese Autoren außerdem herausfanden, benutzen die Stämme SCGC AAA011-A19 und SCGC AAA011-L05 (beide aus der Subklade OP11-1) für die Biosynthese der Purine Adenin und Guanin einen Stoffwechselweg, wie er nur von Archaeen bekannt ist und vermutlich durch lateralen Gentransfer (LGT) von Vertretern des Archaeen-Reichs Methanobacteriati (früher „Euryarchaeida“ oder „Euryarchaeota“ genannt) erworben wurde. Die Purinbiosynthese ist in Bakterien und Archaeen hinsichtlich ihres vorletzten Schritts (der Ribonukleat^[8]-Formylierung, siehe FAICAR) hochkonserviert.^[4] Alle bis damals (2013) sequenzierten Bakterien verwenden für diesen Schritt das Enzym PurH1, während die Mehrheit der Archaeen das Enzym PurP verwendet.^[9]^[4] Mitglieder der Minisyncoccota (früher: „Ca. Patescibacteriota“ oder „Patescibacteria“) verfügen jedoch nicht über das purH1-Gen, sondern stattdessen über ein purP-ähnliches Gen – das Enzym PurP wird von den Methanobacteriati für diesen Schritt benutzt. Wie die Autoren argumentieren, deutet dies auf einen alten lateralen Transfer des größten Teils des Purinbiosynthese-Operons von einem Thermococci-ähnlichen Spender auf den Vorfahren der Minisyncoccota („Patescibacteria“) hin.

Genomeigenschaften (o__UBA1400)

Genomgrößen und Nukleotid-Zusammensetzung vollständiger Genome von Mitgliedern der Kandidatenordnung o__UBA1400^[5] [„Ca. Chazhemtobacteriales“]:

Weitere Informationen Spezies Stamm/MAG (Zugriffsnummer), Genomgröße (bp) ...

Spezies Stamm/MAG (Zugriffsnummer)	Genomgröße (bp)	GC-Gehalt (%)^{[A. 2]}	DNA-Base (%)
Spezies Stamm/MAG (Zugriffsnummer)	Genomgröße (bp)	GC-Gehalt (%)^{[A. 2]}	G	C	A	T
„Ca. Chazhemtobacterium aquaticus“ Ch65 (CP047901)	801.504	44,80	14,97	29,83	27,87	27,33
Ca. Collierbacteria bacterium RIFOXYD2_FULL_45_13 RIFOXYD2_FULL_OP11_Collierbacteria_45_13 (MFAS01000001)	1.089.434	44,95	19,44	25,51	27,03	28,02
Ca. Beckwithbacteria bacterium GW2011_GWC1_49_16 GW2011_GWC1_49_16 (CP011210)	1.049.888	48,92	20,66	28,26	25,33	25,75
UBA1364 sp001029715 [Candidate division TM6 bacterium GW2011_GWF2_28_16]^{[A. 3]} GW2011_GWF2_28_16 (CP011212)	853.053	35,99	18,27	17,72	32,36	31.65

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Systematik

Bei Christian Rinke et al. (2013)^[4] rangiert die Klade OP11 noch im Rang eines Phylums (Abteilung, englisch division, lateinisch divisio), die OP11-Subkladen als Klasse.^[4] Da heute OP11 als „Ca. Microgenomatia“ selbst nur im Rang einer Klasse gesehen wird, vermindert sich der Rang der Subkladen entsprechend auf Ordnung oder Familie. Das diese OP11-Subkladen ursprünglich aus Metagenomik-Analysen der SSU-rRNA stammen, genügen sie heutigen Anforderungen (etwa der GTDB) nicht mehr (englisch failed quality check), so dass eine Zuordnung zu heutigen Kladen oft schwer bzw. kaum möglich ist.

Die Systematik der Gruppe ist mit Stand 7. März 2026 (auszugsweise) wie folgt:

Klasse „Ca. Microgenomatia“ Herrmann et al. 2019^(L,N,G)^[10] – früher Phylum Candidate division CPR1^{[A. 4]} / Candidate division OP11^{[A. 5]} oder Microgenomates Superphylum^(N,R)

Ordnung incertae sedis^(L)
- Klade (Familie?) OP11-1^(R)
  - Gattung incertae sedis
    - Spezies Microgenomates bacterium SCGC AAA011-A19^(N,R) [Candidate division OP11 bacterium SCGC AAA011-A19^(N)]
    - Spezies Microgenomates bacterium SCGC AAA011-L05^(N,R) [Candidate division OP11 bacterium SCGC AAA011-L05^(N)]
    - Spezies Microgenomates bacterium SCGC AAA011-F5^(N,R) [Candidate division OP11 bacterium SCGC AAA011-F5^(N)]
- Klade (Familie?) OP11-2^(R)
  - Gattung incertae sedis
    - Spezies Microgenomates bacterium SCGC AAA255−J07^(N,R) [Candidate division OP11 bacterium SCGC AAA255−J07^(N)]
    - Spezies Microgenomates bacterium SCGC AAA011−B20^(N,R) [Candidate division OP11 bacterium SCGC AAA011−B20^(N)]
- Klade (Familie?) OP11-4b^(R)
  - Gattung „Ca. Microgenomatus“ Rinke et al. 2013^(L,N,R)
    - Spezies „Ca. Microgenomatus auricola“ Rinke et al. 2013^(L,N,R) – mit Stamm SCGC AAA011-E14^(L,N,G,R)^{[A. 6]}
    - Spezies Ca. Microgenomatus sp. isolate SulCav_AS07-7_2_38_32^(N)
    - Spezies Ca. Microgenomatus sp. isolate SulCav_AS07-7_35_29^(N)
    - Spezies Ca. Microgenomatus sp. isolate BE2012_2_50_27^(N)
  - Gattung incertae sedis
    - Spezies Ca. Microgenomates bacterium SCGC AAA011-M05^(N,R) [Candidate division OP11 bacterium SCGC AAA011-M05^(N)]
    - Spezies Uncultured candidate division OP11 bacterium … clone BB35^(N) mit Stamm 83319022^(R) alias BB35^(N)
- Klade (Familie?) OP11-4c^(R)
  - Gattung incertae sedis
    - Spezies Microgenomates bacterium SCGC AAA011-L6^(N,R) [Candidate division OP11 bacterium SCGC AAA011-L6^(N)]
- Familie und Gattung incertae sedis
  - Spezies Microgenomates bacterium SCGC AAA011−B20^(N,R) [Candidate division OP11 bacterium SCGC AAA011-B20^(N)]
  - Spezies Candidate division CPR1 bacterium GW2011_GWC1_49_13^(N,G)
  - Spezies Candidate division CPR1 bacterium ADurb.Bin160^(N,G)

Ordnung „Ca. Chazhemtobacteriales“^(G°) [o__UBA1400^(G)]
- Familie „Ca. Beckwithbacteraceae“^(G°) [f__CG1-02-47-37^(G)] – früher Phylum „Ca. Beckwithiibacteriota“ corrig. Brown et al. 2015 [„Ca. Beckwithbacteria“ Brown et al. 2015]^(L°,N)
  - Gattung CG1-02-47-37^(G)
    - Spezies CG1-02-47-37 sp002772455^(G) [Ca. Beckwithbacteria bacterium CG23_combo_of_CG06-09_8_20_14_all_47_9^(N,G)]
  - Gattung GWC1-49-16
    - Spezies GWC1-49-16 sp001029675^(G) [Ca. Beckwithbacteria bacterium GW2011_GWC1_49_16^(N,G)^[5]]
- Familie „Ca. Cerribacteraceae“^(G°) [f__UBA12028^(G)] – früher Phylum „Ca. Cerribacteria“ Kroeger et al. 2018 (sic!)^(L°,N)
  - Gattung PSRQ01^(G)
    - Spezies PSRQ01 sp003176165^(G) [Ca. Cerribacteria bacterium 'Amazon FNV 2010 28 9'^(N,G)]
  - Gattung UBA12028
    - Spezies UBA12028 sp001002285^(G) [Microgenomates group bacterium GW2011_GWC1_46_15^(N,G)]
  - Gattung …^(G)
- Familie „Ca. Chazhemtonibacteriaceae“ corrig. Kadnikov et al. 2020^(L) [„Ca. Chazhemtobacteriaceae“ Kadnikov et al. 2020^(L), Chazhemtobacteraceae^(G)]^[5]
  - Gattung „Ca. Chazhemtonibacterium“ corrig. Kadnikov et al. 2020^(L) [„Ca. Chazhemtobacterium“ Kadnikov et al. 2020^(L,N,G)]^[5]
    - Spezies „Ca. Chazhemtonibacterium aquaticus“ corrig. Kadnikov et al. 2020^(L) [„Ca. Chazhemtobacterium aquaticus“ Kadnikov et al. 2020^(L,N),^[5] Ca. Chazhemtobacterium sp. isolate BE2011_45_8^(N,G), Ca. Microgenomatus sp. isolate BE2012_45_76^(N,G) (verschoben), Patescibacteria group bacterium isolate UR.bin30^(N,G)] – mit Stämmen Ch65^(L,N,G); BE2011_45_8^(N,G); BE2012_45_76^(N,G); UR.bin30^(N,G)
- Familie „Ca. Chisholmbacteraceae“^(G) [RIF36-Gruppe^[11]] – früher Phylum „Ca. Chisholmiibacteriota“ [„Ca. Chisholmbacteria“]^(L°,N)
  - Gattung 2-01-FULL-49-14^(G)
    - Spezies 2-01-FULL-49-14 sp001816915^(G) [Ca. Chisholmbacteria bacterium RIFCSPLOWO2_01_FULL_49_14^(N,G)]
  - Gattung …^(G)
- Familie „Ca. Collierbacteraceae“^(G°) [f__UBA12108^(G)] – früher Phylum „Ca. Collieribacteriota“ corrig. Brown et al. 2015 [„Ca. Collierbacteria“ Brown et al. 2015]^(L°,N)
  - Gattung UBA12108^(G)
    - Spezies UBA12108 sp001002415^(G) [Ca. Collierbacteria bacterium RIFOXYD1_FULL_46_26^(N,G)]
  - Gattung …^(G)
  - Gattung incertae sedis
    - Spezies Candidatus Collierbacteria bacterium RIFOXYD2_FULL_45_13^(N)^[5]
- Familie „Ca. Pacebacteraceae“^(G°) [f__PJMF01^(G)] – offenbar nicht identisch mit „Ca. Paceibacteraceae“ Chuvochina et al. 2023 (Minisyncoccia: Minisyncoccales)
  - Gattung 1-14-0-10-56-10
    - Spezies 1-14-0-10-56-10 sp002772645^(G) [Ca. Pacebacteria bacterium CG10_big_fil_rev_8_21_14_0_10_56_10^(N,G)]
  - Gattung CG1-02-43-3
    - Spezies CG1-02-43-31 sp002788675^(G) [Ca. Pacebacteria bacterium CG_4_9_14_0_2_um_filter_40_15^(N,G)]
  - Gattung CG2-30-36-39
    - Spezies CG2-30-36-39 sp001873435^(G) [Ca. Pacebacteria bacterium CG2_30_36_39^(N,G)
  - Gattung PJMF01^(G)
    - Spezies PJMF01 sp003173865^(G) [Ca. Minisyncoccota bacterium isolate Amazon_FNV_2010_13_2_2^(N), Ca. Paceibacterota bacterium isolate Amazon_FNV_2010_13_2_2^(G)]
  - Gattung UBA10119
    - Spezies UBA10119 sp001002135^(G) [Ca. Pacebacteria bacterium GW2011_GWA1_46_10^(N,G)]
  - Gattung UBA1364
    - Spezies UBA1364 sp020724725^(G) [Ca. Microgenomatus sp. isolate BE2012_5_35_30^(N,G)]
    - Spezies UBA1364 sp001029715^(G) [Candidate division TM6 bacterium GW2011_GWF2_28_16^(N,G)]^[5]
  - Gattung UBA1388
    - Spezies UBA1388 sp002772705^(G) [Ca. Pacebacteria bacterium CG10_big_fil_rev_8_21_14_0_10_44_11^(N,G)]
  - Gattung UM-FILTER-42-14**** Spezies UM-FILTER-42-14 sp002772695^(G) [Ca. Pacebacteria bacterium CG10_big_fil_rev_8_21_14_0_10_44_54^(N,G)]
  - Gattung …^(G)
- Familie f__MFAQ01^(G) – abgetrennt von „Collierbacteraceae“ [f__UBA12108]
  - Gattung MFAQ01^(G)
    - Spezies MFAQ01 sp001776275^(G) [Ca. Collierbacteria bacterium RIFOXYD1_FULL_40_9^(N,G)]
  - Gattung UBA2277^(G)
    - Spezies UBA2277 sp000998275^(G) [Ca. Collierbacteria bacterium GW2011_GWA2_42_17^(N,G), Candidate division CPR1 bacterium GW2011_GWA2_42_17^(N,G)^{[A. 7]}
  - Gattung …^(G)
- Familie f__PJMF01^(G)
  - Gattung UBA1364^(G)
    - Spezies UBA1364 sp020724725^(G) [Ca. Microgenomatus sp. isolate BE2012_4_39_12^(N)] (verschoben)
- Familie f__UBA1400^(G) – abgetrennt von „Beckwithbacteraceae“ [f__CG1-02-47-37]
  - Gattung 1-14-0-10-34-10^(G)
    - Spezies 1-14-0-10-34-10 sp002773945^(G) [Ca. Beckwithbacteria bacterium CG10_big_fil_rev_8_21_14_0_10_34_10^(N,G)]
  - Gattung UBA1400^(G)
    - Spezies UBA1400 sp002305125^(G) [Patescibacteria group bacterium UBA1400^(N,G)]
  - Gattung …^(G)
- Familie f__UBA1449^(G) – abgetrennt von „Beckwithbacteraceae“ [f__CG1-02-47-37]
  - Gattung JAAZND01
    - Spezies JAAZND01 sp012798485^(G) [Ca. Beckwithbacteria bacterium isolate AS27yjCOA_127^(N,G)]
  - Gattung JAAZOH01
    - Spezies JAAZOH01 sp012797845^(G) [Ca. Beckwithbacteria bacterium isolate AS27yjCOA_42^(N,G)]
  - Gattung UBA1449^(G)
    - Spezies UBA1449 sp002335355^(G) [Patescibacteria group bacterium UBA1449^(N,G)
- Familie …^(G)

Ordnung „Ca. Curtissbacterales“^(G) – früher Phylum „Ca. Curtissiibacteriota“ corrig. Brown et al. 2015 [„Ca. Curtissbacteria“ Brown et al. 2015]^(L°,N)
- Familie f__DATCJB01^(G)
  - Gattung DATCJB01^(G)
    - Spezies DATCJB01 sp036507455^(G) [Patescibacteria group bacterium isolate SMAG_U7874^(N,G)]
- Familie f__GWA2-41-24^(G)^{[A. 8]}
  - Gattung GWA2-41-24^(G)
    - Spezies GWA2-41-24 sp001775055^(G) [Ca. Curtissbacteria bacterium RIFCSPLOWO2_02_41_11^(N,G)]
  - Gattung …^(G)

Ordnung „Ca. Daviesbacterales“^(G) – früher Phylum „Ca. Daviesiibacteriota“ corrig. Brown et al. 2015 [„Ca. Daviesbacteria“ Brown et al. 2015]^(L°,N)
- Familie f__UBA10151^(G)
  - Gattung GWC1-40-9^(G)
    - Spezies GWC1-40-9 sp000997385^(G) [Ca. Daviesbacteria bacterium GW2011_GWA1_41_61^(N,G)]
  - Gattung UBA10151^(G)
    - Spezies UBA10151 sp001776935^(G) [Ca. Daviesbacteria bacterium RIFCSPLOWO2_01_FULL_39_23^(N,G)]
  - Gattung …^(G)

Ordnung „Ca. Gottesmannbacterales“^(G°) [o__UBA10105^(G)] – zum früheren Phylum „Ca. Gottesmanniibacteriota“ corrig. Brown et al. 2015 [„Ca. Gottesmannbacteria“ Brown et al. 2015]^(L°,N)
- Familie f__UBA10105^(G)
  - Gattung UBA10105^(G)
    - Spezies UBA10105 sp000995415^(G) [Ca. Gottesmannbacteria bacterium GW2011_GWC1_43_10^(N,G)]
- Familie …^(G)

Ordnung „Ca. Levybacterales“^(G) – früher Phylum „Ca. Levyibacteriota“ corrig. Brown et al. 2015 [„Ca. Levybacteria“ Brown et al. 2015]^(L°,N)
- Familie f__GWA1-39-11^(G)
  - Gattung SURF-62^(G)
    - Spezies SURF-62 sp003599595^(G) [Ca. Parcubacteria bacterium isolate SURF_62^(N,G)]
- Familie f__JACOYD01^(G)
- Familie f__UBA12049^(G)^{[A. 9]}
  - Gattung 01-FULL-36-15b
    - Spezies 01-FULL-36-15b sp001782035^(G) [Ca. Levybacteria bacterium RIFCSPHIGHO2_01_FULL_37_17^(N,G)]

Ordnung „Ca. Roizmanbacterales“^(G°) [o__UBA1406^(G)] – früher Phylum „Ca. Roizmaniibacteriota“ [„Ca. Roizmanbacteria“]^(L°,N)
- Familie f__GWC2-37-13^(G)
  - Gattung GWC2-37-13^(G)
    - Spezies GWC2-37-13 sp000990305 [Ca. Roizmanbacteria bacterium GW2011_GWC2_34_23^(N,G)]
    - Spezies GWC2-37-13 sp000990565 [Ca. Roizmanbacteria bacterium GW2011_GWC1_37_12^(N,G)]
  - Gattung UBA1450^(G)
    - Spezies UBA1450 sp000990445^(G) [Ca. Roizmanbacteria bacterium GW2011_GWA2_37_7^(N,G)
    - Spezies UBA1450 sp002329205^(G) [’’Ca.’’ Candidatus Roizmanbacteria bacterium UBA1450^(N,G)
  - Gattung „Roizmanbacterium“ Geesink et al. 2020^(L)
    - Spezies Ca. Roizmanbacterium ADI133^[12]
  - Gattung …^(G)
- Familie f__HO2-37-13b
  - Gattung OLB22^(G)
    - Spezies OLB22 sp001567515^(G) [Microgenomates bacterium OLB22^(N,G), Candidate division OP11 bacterium OLB22^(N)]
  - Gattung OLB23^(G)
    - Spezies OLB23 sp001567245^(G) [Microgenomates bacterium OLB23^(N,G), Candidate division OP11 bacterium OLB23^(N)]
  - Gattung …^(G)
- Familie f_UBA1406^(G)

Ordnung „Ca. Shapirobacterales“^(G°) [o__UBA12405^(G)] – früher Phylum „Ca. Shapironibacteriota“ corrig. Brown et al. 2015 [„Ca. Shapirobacteria“ Brown et al. 2015]^(L°,N)
- Familie BS750m-G30^(G)
- Familie f__JAHJSD01^(G)
- Familie f__JAUWLS01^(G)
- Familie f__UBA12405^(G)
  - Gattung UBA12405
    - Spezies UBA12405 sp003542615^(G) [Ca. Shapirobacteria bacterium isolate UBA12405^(N,G)]
- Familie f__UBA6130^(G)

Ordnung Ca. Woykebacterales^(G) – früher Phylum „Ca. Woykeibacteriota“ corrig. Anantharaman et al. 2016 [„Ca. Woykebacteria“ Anantharaman et al. 2016]^(L°,N)^[13]^[14]
- Familie f__2-01-FULL-43-14^(G)
- Familie f__JBBROZ01^(G)
- Familie f__RBG-16-39-9b^(G)^{[A. 10]}

Ordnung o__0-14-0-10-38-17^(G) – abgetrennt von „Shapirobacterales“ [o__UBA12405]
- Familie f__0-14-0-10-38-17^(G)
  - Gattung 0-14-0-10-38-17^(G)
    - Spezies 0-14-0-10-38-17 sp002774085^(G) [Ca. Shapirobacteria bacterium CG09_land_8_20_14_0_10_38_17^(N,G)]
- Familie „Ca. Blackburnbacteraceae“^(G°) [f__UBA10165^(G), RIF35-Gruppe^[11]] – früher Phylum „Ca. Blackburniibacteriota“ corrig. Anantharaman et al. 2016 [ „Ca. Blackburnbacteria“ Anantharaman et al. 2016]^(L°,N)
  - Gattung 01-FULL-43-15b
    - Spezies 01-FULL-43-15b sp001816385^(G) [Ca. Blackburnbacteria bacterium RIFCSPHIGHO2_01_FULL_43_15b^(N,G)]
  - Gattung 2-12-FULL-44-25^(G)
    - Spezies 2-12-FULL-44-25 sp001816455^(G) [Ca. Blackburnbacteria bacterium RIFCSPHIGHO2_12_FULL_44_25^(N,G)]
  - Gattung GCA-2686465^(G)
    - Spezies GCA-2686465 sp002686465^(G) [Ca. Woesebacteria bacterium isolate ARS1183^(N,G)] (verschoben)
  - Gattung JACPEJ01^(G)
    - Spezies JACPEJ01 sp016183565^(G) [Ca. Blackburnbacteria bacterium isolate NC_groundwater_332_Ag_B-0.1um_41_18^(N,G)]
  - Gattung UBA10165^(G)
    - Spezies BA10165 sp001816475^(G) [Ca. Blackburnbacteria bacterium RIFCSPLOWO2_01_FULL_40_20^(N,G)]
  - Gattung …^(G)
- Familie „Ca. Woesebacteraceae“^(G°) [f__UBA8517^(G)] – früher Phylum „Ca. Woeseibacteriota“ corrig. Brown et al. 2015 [ „Ca. Woesebacteria“ Brown et al. 2015]^(L°,N)
  - Gattung 2-01-FULL-44-10^(G)
    - Spezies 2-01-FULL-44-10 sp001792465^(G) [Ca. Woesebacteria bacterium RIFCSPHIGHO2_01_FULL_44_10^(N,G)]
  - Gattung DYGS01^(G)
    - Spezies DYGS01 sp020724585^(G) [Ca. Microgenomatus sp. isolate BE2012_5_35_30^(N,G)]
  - Gattung DYGT01^(G)
    - Spezies DYGT01 sp020724555^(G) [Ca. Microgenomatus sp. isolate BE2012_6_40_25^(N,G)]
  - Gattung GWB1-39-12^(G)
    - Spezies GWB1-39-12 sp000993405^(G) [Ca. Woesebacteria bacterium GW2011_GWB1_39_12^(N,G)]
  - Gattung GWC1-37-12b^(G)
    - Spezies GWC1-37-12b sp000993115^(G) [Ca. Woesebacteria bacterium GW2011_GWB1_38_8b^(N,G)]
  - Gattung GWC1-42-9^(G)
    - Spezies GWC1-42-9 sp000995185^(G) [Ca. Woesebacteria bacterium GW2011_GWC1_42_9^(N,G)]
  - Gattung GWF1-31-35^(G)
    - Spezies GWF1-31-35 sp001029755^(G) [Ca. Woesebacteria bacterium GW2011_GWF1_31_35^(N,G)]
  - Gattung LCIL01^(G)
    - Spezies LCIL01 sp001001045^(G) [Ca. Woesebacteria bacterium GW2011_GWA1_44_23^(N,G)]
  - Gattung RBG-16-42-24^(G)
    - Spezies RBG-16-42-24 sp001792115^(G) [Ca. Woesebacteria bacterium RBG_16_42_24^(N,G)]
  - Gattung UBA12026^(G)
    - Spezies UBA12026 sp000990005^(G) [Ca. Woesebacteria bacterium GW2011_GWB1_33_38^(N,G)]
  - Gattung UBA8517^(G)
  - Gattung WO2-FULL-39-9^(G)
    - Spezies WO2-FULL-39-9 sp001793155^(G) [Ca. Woesebacteria bacterium RIFCSPLOWO2_01_FULL_39_61^(N,G)]
  - Gattung WO2-FULL-39-10^(G)
    - Spezies WO2-FULL-39-10 sp001792345^(G) [Ca. Woesebacteria bacterium RIFCSPHIGHO2_01_FULL_39_32^(N,G)]
  - Gattung …^(G)
- Familie f__GWA2-44-7^(G)
  - Gattung GWA2-44-7^(G)
- Familie f__UBA8517^(G)
  - Gattung DYGS01^(G)
    - Spezies DYGS01 sp020724585^(G) [Ca. Microgenomatus sp. isolate BE2012_5_35_30^(N)] (verschoben)
  - Gattung DYGT01^(G)
    - Spezies DYGT01 sp020724555^(G) [Ca. Microgenomatus sp. isolate BE2012_6_40_25^(N)] (verschoben)
- Familie …^(G)

Ordnung o__JACOXO01^(G) – abgetrennt von „Gottesmannbacterales“ [o__UBA10105]
- Familie f__JACOXO01^(G)
  - Gattung JACOXO01^(G)
    - Spezies JACOXO01 sp016182365^(G) [Ca. Gottesmannbacteria bacterium isolate NC_groundwater_155_Ag_S-0.1um_35_9^(N,G)]

Ordnung o__JACPZF01^(G) – abgetrennt von „Gottesmannbacterales“ [o__UBA10105]
- Familie f__JACPZF01^(G)
  - Gattung JACPZF01^(G)
    - Spezies JACPZF01 sp016195615^(G) [Ca. Ca. Gottesmannbacteria bacterium isolate NC_groundwater_155_Ag_S-0.1um_35_9^(N,G)]
  - Gattung …^(G)

Ordnung o__PFEM01^(G) – abgetrennt von „Shapirobacterales“ [o__UBA12405]
- Familie f__PFEM01^(G)
  - - Spezies PFEM01 sp002793635^(G) [Ca. Shapirobacteria bacterium CG10_big_fil_rev_8_21_14_0_10_48_15^(N,G)]

Ordnung o__UM-FILTER-39-15^(G) – abgetrennt von „Shapirobacterales“ [o__UBA12405]
- Familie UM-FILTER-39-15^(G)
  - - Spezies UM-FILTER-39-15 sp002784465^(G) [Ca. Shapirobacteria bacterium CG_4_10_14_0_8_um_filter_39_15^(N,G)]

Ordnung o__UM-FILTER-40-11^(G) – abgetrennt von „Shapirobacterales“ [o__UBA12405]
- Familie f__UM-FILTER-40-11^(G)
  - - Spezies UM-FILTER-40-11 sp002780305^(G) [Ca. Shapirobacteria bacterium isolate SZUA-533^(N,G)]

Ordnung o__VGLL01^(G) – abgetrennt von „Shapirobacterales“ [o__UBA12405]
- Familie f__VGLL01^(G)
  - - Spezies VGLL01 sp016866735^(G) [Ca. Shapirobacteria bacterium isolate BS750m-G30^(N,G)]

Ordnung …^(G)

Verschiebungen gemäß GTDB:

nach Klasse „Ca. Patescibacteriia“:
- Microgenomatus auricola Stamm Bin_28_1_1^(N) ⇒ Microgenomatus_A auricola_A^(G)
- Microgenomatus auricola Stamm Bin_40^(N) ⇒ Microgenomatus_B auricola_A^(G)
nach Klasse Minisyncoccia:
- Ca. Microgenomatus sp. isolate BE2012_3_53_27^(N) ⇒ DYGI01 sp020724805^(G)

L – List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature (LPSN), Deutsche Sammlung von Mikroorganismen und Zellkulturen (DSMZ),^[1]
L° – verwaister LPSN-Eintrag (Taxon ohne ausgewiesene innere und äußere Systematik, aber ggf. Synonyme),^[15]
N – Taxonomie des National Center for Biotechnology Information (NCBI),^[3]
G – Genome Taxonomy Database (GTDB),^[2]
G° – GTDB (veralteter) Release 09-RS220^[16]^[6]
R – Christian Rinke et al. 2013^[4]

Etymologie

Die Bezeichnungen Microgenomatia (früher Microgenomates) und Microgenomatus für die Typusgattung gehen zurück auf das altgriechische Adjektiv μικρός mikrós, deutsch ‚klein‘ und neulateinisch genomum ‚Genom‘; dies erinnert daran, dass es sich um Organismen mit einem kleinen Genom handelt.^[1]

Anmerkungen

[1]
Die Wassertemperatur war niedriger als für einen typischen Temperaturgradienten von etwa 20 °C/km erwartet, aber das Wasser könnte sich beim Durchfließen durch das Bohrloch abgekühlt haben.
[2]
Summe aus den beiden folgenden Spalten
[3]
Familie f__PJMF01
[4]
Gleichsetzung wegen Stamm GW2011_GWA2_42_17
[5]
Gleichsetzung wegen der Stämme OLB22 und OLB23
[6]
in der GTDB abgetrennt: Microgenomatus_A auricola_A – mit Stamm Bin_28_1_1, Microgenomatus_B auricola_A – mit Stamm Bin_40 (beide verschoben nach Klasse „Ca. Patescibacteriia“)
[7]
beide Stämme werden hier (im Gegensatz zu GTDB und der NCBI-Taxonomie) als Aliase aufgefasst: der lange Name sollte eindeutig sein.
[8]
nach der GTDB gehören alle in der NCBI-Taxonomie als Curtissbacteria gekennzeichneten Stämme zu dieser Familie.
[9]
nach der GTDB gehören fast alle in der NCBI-Taxonomie als Levybacteria gekennzeichneten Stämme zu dieser Familie.
[10]
nach der GTDB gehören fast alle in der NCBI-Taxonomie als Woykebacteria gekennzeichneten Stämme zu dieser Familie.

Einzelnachweise

[1]
LPSN: Class "Candidatus Microgenomatia" Herrmann et al. 2019.
[2]
GTDB: Microgenomatia (class).
[3]
NCBI Taxonomy Browser: Candidatus Microgenomatia. Details: Candidatus Microgenomatia, GTDB (class).
[4]
Christian Rinke, Patrick Schwientek, Alexander Sczyrba, Natalia N. Ivanova, Iain J. Anderson, Jan-Fang Cheng, Aaron Darling, Stephanie Malfatti, Brandon K. Swan, Esther A. Gies, Jeremy A. Dodsworth, Brian P. Hedlund, George Tsiamis, Stefan M. Sievert, Wen-Tso Liu, Jonathan A. Eisen, Steven J. Hallam, Nikos C. Kyrpides, Ramunas Stepanauskas, Edward M. Rubin, Philip Hugenholtz, Tanja Woyke: Insights into the phylogeny and coding potential of microbial dark matter. In: Nature, Band 499, 14. Juli 2013, S. 431–437; doi:10.1038/nature12352, PMID 23851394, ResearchGate:249320335 (englisch). Siehe auch Supplementary Information (PDF; 10 MB).
[5]
Vitaly V. Kadnikov, Andrey V. Mardanov, Alexey V. Beletsky, Olga V. Karnachuk, Nikolai V. Ravin: Complete Genome of a Member of a New Bacterial Lineage in the Microgenomates Group Reveals an Unusual Nucleotide Composition Disparity Between Two Strands of DNA and Limited Metabolic Potential. In: MDPI: Microorganisms, Special Issue Microbial Evolution of Extremophiles, Band 8, Nr. 3, 25. Februar 2020, S. 320; doi:10.3390/microorganisms8030320, PMC 7143001 (freier Volltext), PMID 32106565 (englisch).
[6]
Vitaly V. Kadnikov, Andrey V. Mardanov, Alexey V. Beletsky, Olga V. Karnachuk, Nikolai V. Ravin: Microbial Life in the Deep Subsurface Aquifer Illuminated by Metagenomics. In: Frontiers in Microbiology, Sec. Extreme Microbiology, Band 11, 3. September 2020; doi:10.3389/fmicb.2020.572252 (englisch). Siehe insbes. Supplementary Table S1.
[7]
Chazhemto. Auf: Mapcarta (deutsch).
[8]
Wiktionary: ribonucleate (englisch).
[9]
Anne M. Brown, Samantha L. Hoopes, Robert H. White, Catherine A. Sarisky: Purine biosynthesis in archaea: variations on a theme. In: Biology Direct, Band 6, Nr. 63, 14. Dezember 2011; doi:10.1186/1745-6150-6-63, PMC 3261824 (freier Volltext), PMID 22168471 (englisch).
[10]
Martina Herrmann, Carl-Eric Wegner, Martin Taubert, Patricia Geesink, Katharina Lehmann, Lijuan Yan, Robert Lehmann, Kai Uwe Totsche, Kirsten Küsel: Predominance of Cand. Patescibacteria in Groundwater Is Caused by Their Preferential Mobilization From Soils and Flourishing Under Oligotrophic Conditions. In: Frontiers in Microbiology, Sec. Terrestrial Microbiology, Band 10, 20. Juni 2019, doi:10.3389/fmicb.2019.01407, PMC 6596338 (freier Volltext), PMID 31281301 (englisch).
[11]
Karthik Anantharaman, Christopher T. Brown, Laura A. Hug, Itai Sharon, Cindy J. Castelle, Alexander J. Probst, Brian C. Thomas, Andrea Singh, Michael J. Wilkins, Ulas Karaoz, Eoin L. Brodie, Kenneth H. Williams, Susan S. Hubbard, Jillian F. Banfield: Thousands of microbial genomes shed light on interconnected biogeochemical processes in an aquifer system. In: Nature Communications, Band 7, Nr. 13219, 24. Oktober 2016; doi:10.1038/ncomms13219, PMC 5079060 (freier Volltext), PMID 27774985 (englisch).
[12]
Patricia Geesink, Carl-Eric Wegner, Alexander J. Probst, Martina Herrmann, Hang T. Dam, Anne-Kristin Kaster, Kirsten Küsel: Genome-inferred spatio-temporal resolution of an uncultivated Roizmanbacterium reveals its ecological preferences in groundwater. In: Environmental Microbiology, Band 22, Nr. 2, 19. November 2019, S. 726-737; doi:10.1111/1462-2920.14865, PMID 31742865 (englisch).
[13]
Robert E. Danczak, Michael D. Johnston, Michael Slattery, Kelly C. Wrighton, Michael J. Wilkins: Members of the candidate phyla radiation are functionally differentiated by carbon- and nitrogen-cycling capabilities. In: Microbiome. 5. Jahrgang, Nr. 1, September 2017, ResearchGate:319450132, S. 112, doi:10.1186/s40168-017-0331-1, PMID 28865481, PMC 5581439 (freier Volltext), bibcode:2017AGUFM.B14D..08D (englisch).. Siehe insbes. Additional file 1 (xlsx).
[14]
NCBI Taxonomy Browser: Candidatus Woykeibacteriota; Details: "Candidatus Woykeibacteriota" corrig. Anantharaman et al. 2016; homotypic synonym: "Candidatus Woykebacteria" Anantharaman et al. 2016 (phylum).
[15]
LPSN: Search taxonomy.
[16]
Genome Taxonomy Database (GTDB) Release 09-RS220
About. In: GTDB. Abgerufen am 19. Mai 2024 (englisch).

bac120_r220.sp_labels Tree File. In: GTDB. Abgerufen am 19. Mai 2024.

Taxon History. In: GTDB. Abgerufen am 19. Mai 2024 (englisch).

„Ca. Microgenomatus auricola“

„Ca. Chazhemtonibacterium aquaticus“

Purin-Biosynthese

Genomeigenschaften (o__UBA1400)

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