Nested PCR
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Die nested PCR (dt. ‚genestete PCR‘) ist eine Variante der Polymerasekettenreaktion zur stärkeren Vermeidung von unerwünschten PCR-Produkten.[1]
Eigenschaften
Die nested PCR besteht aus zwei aufeinanderfolgenden PCR mit unterschiedlichen Primerpaaren in beiden Reaktionen. Durch die Verwendung zweier unterschiedlicher Primerpaare wird die Wahrscheinlichkeit unspezifischer Bindung von Primern und daraus folgender Amplifikation unerwünschter DNA-Sequenzen gesenkt, denn nur Sequenzen, die Bindungsstellen für jeweils beide Primer auf jedem Strang besitzen werden in beiden Reaktionen vermehrt. Die nested PCR wird verwendet, um die Spezifität der Amplifikation bei geringer Templatekonzentration oder in komplexen DNA-Mischungen zu erhöhen.[2] Die erste PCR wird mit außenliegenden Primerpaaren durchgeführt. Ein kleiner Teil des Produkts der ersten Reaktion wird als Vorlage für die zweite PCR mit den innenliegenden Primerpaaren weiterverwendet. Durch die hohe Zahl an Amplifikationszyklen in beiden PCR hat die Methode eine sehr hohe Sensitivität, aber die doppelte Reaktion erhöht auch die Möglichkeiten für das Einbringen von Kontaminationen.[3] Wenn nur ein Primer für einen der Stränge verwendet wird, aber zwei (ein äußerer und ein innerer) für den anderen Strang, dann wird die Reaktion als semi-nested PCR bezeichnet.[4]
Geschichte
Die nested PCR wurde erstmals 1993 von Nuanthip Kamolvarin und Kollegen zum Nachweis des Tollwutvirus veröffentlicht.[5]