Unterfamilie der Familie Coronaviridae
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Orthocoronavirinae ist eine Virusunterfamilie innerhalb der Familie Coronaviridae, die weitestgehend mit dieser übereinstimmt. Die Viren innerhalb dieser Unterfamilie werden (fach)umgangssprachlich Orthocoronaviren und veraltet und zweideutig auch bloß Coronaviren genannt.
Bis heute (Stand 2020) entspricht die Beschreibung der Unterfamilie Orthocoronavirinae nahezu vollständig der der übergeordneten Familie Coronaviridae. Das liegt daran, dass die einzige Schwestergruppe–die Unterfamilie der Letoviren (Letovirinae)–nur wenig erforscht ist und nur eine einzige Art–Microhyla letovirus 1–enthält. Neben strukturellen und statistischen Unterschieden im Virusgenom bei computergestützten Analysen (vgl. Bioinformatik) besteht der wesentlichste Unterschied zwischen den beiden Unterfamilien Orthocoronavirinae und Letovirinae vor allem darin, dass die Letoviren die ersten Coronaviren sind, die Amphibien infizieren.[2][3]
Benennung
Etymologie
Der Name der Unterfamilie Orthocoronavirinae setzt sich aus dem Vorsatz „Ortho-“ (griechischὀρθόςorthós, deutsch ‚recht, richtig, aufrecht‘) und dem früheren Namen dieser Unterfamilie Coronavirinae zusammen. „Orthocoronaviren“ bedeutet so viel wie: „richtige, eigentliche, klassische oder echte Coronaviren“. Das entspricht der zuvor gebrauchten umgangssprachlichen Bezeichnung: „echte Coronaviren“ (englischtrue coronaviruses[4]), für die Viren dieser Gruppe, bevor die Gruppe den jetzigen Namen erhielt.
Diese Virengruppe wurde zunächst als Gattung unter dem Namen Coronavirus geführt (bis 2008). Durch den Aufstieg in den Rang einer Unterfamilie wurde die Endung in „-virinae“ geändert.[4] Die Herkunft des Namensbestandteils „corona“ wird genauer im Abschnitt Etymologie im Artikel zur Familie Coronaviridae erläutert.
Die Namenserweiterung „Ortho-“ beendete 2018 gewisse Mehrdeutigkeiten, die innerhalb der Familie Coronaviridae aufgrund dessen bestanden, dass der gleiche Wortstamm „Corona-“ für mehrere ineinanderliegende Gruppen verwendet worden war.[5] Näheres unter Taxonomische Hintergründe.
Verwendete Namen
Aus dem Taxonnamen Orthocoronavirinae ergibt sich systematisch die Sammelbezeichnung (englischcollective name[6]) „Orthocoronaviren“ für Viren dieser Unterfamilie.[7][8] Besonders im Englischen wird diese Art der Sammelbezeichnung auch „Vernakularname“ (englischvernacular name) genannt.[5]
Die Sammelbezeichnung „Orthocoronaviren“ ist noch verhältnismäßig jung im Vergleich zum seit den 1960er Jahren gebrauchten Namen „Coronaviren“.[9] Obwohl der ältere Name „Coronaviren“ zweideutig sowohl die Viren der ganzen Familie[10] als auch nur der Unterfamilie (früher: Gattung[4]) bezeichnet, ist er weiter auch für nur die Viren der Unterfamilie im Gebrauch.[11][12][13][14][15]
Aus diesen Gründen existieren grundsätzlich immer noch zwei Vernakularnamen für die Viren dieser Gruppe. Einmal der doppeldeutige Name „Coronaviren“ (englischcoronaviruses). Dieser findet sich in Literatur bis 2018[16] und häufig auch noch nach 2018. Und dann der eindeutige Name „Orthocoronaviren“ als taxonomische Sammelbezeichnung seit 2018. Der eigentlich korrekte und eindeutige englische Vernakularname „coronavirids“ findet allerdings auch heute noch nur gelegentlich Verwendung,[17] dieser ist analog der Bezeichnung nanovirids des ICTV[18] für die Familie Nanoviridae, sowie hominids bzw. camelids[19] für die Familien der Hominiden respektive Cameliden gebildet.[A. 1]
Wegen der Namensähnlichkeit zwischen Familie und Unterfamilie kommt es allenthalben auch zur Falschschreibung des Unterfamiliennamens in der Form: Orthocoronaviridae.[20]
Die Unterfamilie Orthocoronavirinae besitzt in der Familie Coronaviridae mit Stand 7. Mai 2024 die beiden Schwester-Unterfamilien Letovirinae und Pitovirinae. Nicht mehr dabei die frühere Schwester-Unterfamilie Torovirinae, die 2018 zur heutigen Familie Tobaniviridae mit der neuen(!) Unterfamilie Torovirinae hochgestuft wurde.[2]
Das ICTV benutzt diese Konstruktion dort zur Unterscheidung von den "nanoviruses", d.h. den Mitgliedern der Gattung Nanovirus innerhalb dieser Familie. Ähnlich findet man "geminivirids" und "genomovirids" für die Geminiviridae respektive Genomoviridae im ICTV-akzeptierten Vorschlag 2019.012DA.v1 (ZIP: docx, xlsx) von Krupovic etal. (2019) zum PhylumCressdnaviricota.
J. Ziebuhr, R.S. Baric, S. Baker, R.J. de Groot, C. Drosten, A. Gulyaeva, B.L. Haagmans, B.W. Neuman, S. Perlman, L.L.M. Poon, I. Sola, A.E. Gorbalenya:2017.012_015S.A.v1.Nidovirales. In: Virus Taxonomy. History. Revision 2018a, Juli. International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV), 18.Februar 2017, Proposal-Code2017.012_015S (ictvonline.org[ZIP; 5,1MB; abgerufen am 7.Mai 2020]).
Khulud Bukhari, Geraldine Mulley, Anastasia A. Gulyaeva, Lanying Zhao, Guocheng Shu, Jianping Jiang, Benjamin W. Neuman:Description and initial characterization of metatranscriptomic nidovirus-like genomes from the proposed new family Abyssoviridae, and from a sister group to the Coronavirinae, the proposed genus Alphaletovirus. In: Virology. Band524, November. Elsevier, 7.September 2018, S.160–171, doi:10.1016/j.virol.2018.08.010, PMID 30199753, PMC7112036(freier Volltext) – (englisch, Volltext[PDF; 3,3MB; abgerufen am 18.Mai 2020] „Coronavirinae“: heute „Orthocoronavirinae“.).
Raoul J. de Groot, John Ziebuhr, Leo L. Poon, Patrick C.Woo, Pierre Talbot, Peter J.M. Rottier, Kathryn V. Holmes, Ralph Baric, Stanley Perlman, Luis Enjuanes, Alexander E. Gorbalenya:Revision of the family Coronaviridae. Proposal. In: Virus Taxonomy. History. Revision 2009. International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV), Juni 2008, Proposal-Code 2008.085-126V (englisch, ictvonline.org[PDF; 175kB; abgerufen am 5.Mai 2020]).
How to write virus and species names?In:ICTV-Homepage.International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV),6.April 2020,archiviertvomOriginal(nicht mehr online verfügbar)am9.Juni 2019;abgerufen am 8.August 2020(englisch).Info: Der Archivlink wurde automatisch eingesetzt und noch nicht geprüft. Bitte prüfe Original- und Archivlink gemäß Anleitung und entferne dann diesen Hinweis.@1@2Vorlage:Webachiv/IABot/talk.ictvonline.org
GideonJ. Mordecai, Ian Hewson (Verf.); EmilyS. Bailey, Alexander Culley (Gutachter):Coronaviruses in the Sea. Mini Review. In: AndrewS. Lang (Hrsg.): Frontiers in Microbiology. Band11, 24.Juli 2020, S.2, doi:10.3389/fmicb.2020.01795 (englisch, Artikel-Nr. 1795, Vernakularname „Orthocoronavirus“.).“Orthocoronavirus-like sequences”
Sarah Young:Orthocoronavirinae: What does it mean and which other viruses are in the subfamily?In:The Independent.18.Juni 2020,abgerufen am 7.August 2020(englisch,doppeldeutige Wortverwendung, Familie vs. Unterfamilie):„Each of the coronaviruses belong to an overarching sub-family […] called "orthocoronavirinae"[…]. The term ‘orthocoronavirinae’ represents a ‘sub-family’ of the [family of the] coronaviruses[…].“
HayderM. Al-Kuraishy, AliI. Al-Gareeb:From SARS-CoV to nCoV-2019: Ruction and Argument. Brief Report. In: Archives of Clinical Infectious Diseases. Band15 (COVID-19), Artikel e102624, 1.April 2020, Abstract und 1. Background, doi:10.5812/archcid.102624 (englisch, Volltext[PDF; 2,6MB; abgerufen am 7.August 2020] Falsche Zuordnung aller Coronaviren nur zur Unterfamilie.).“Coronaviruses (CoVs) […]. CoVs constitute the subfamily Orthocoronavirinae, in the family Coronaviridae.”
AntonioC.P. Wong, Xin Li, SusannaK.P. Lau, PatrickC.Y. Woo:Global Epidemiology of Bat Coronaviruses. Review. In: Viruses. Band11, Nr.2. MDPI, 20.Februar 2019, 174, doi:10.3390/v11020174, PMID 30791586, PMC6409556(freier Volltext) – (englisch, Volltext[PDF; 2,2MB; abgerufen am 7.August 2020] Es wird die Unterfamilie beschrieben (=vier Gattungen etc.) und allen Coronaviren zugeordnet.).“Coronaviruses (CoVs) […]. CoVs are classified into four genera, Alphacoronavirus, Betacoronavirus, Gammacoronavirus and Deltacoronavirus.”
Yi Fan, Kai Zhao, Zheng-Li Shi, Peng Zhou:Bat Coronaviruses in China. Review. In: Viruses. Band11, Nr.3. MDPI, 2.März 2019, 210, doi:10.3390/v11030210, PMID 30832341, PMC6466186(freier Volltext) – (englisch, Volltext[PDF; 1,9MB; abgerufen am 7.August 2020] Falsche Zuordnung aller Coronaviren zur Unterfamilie.).“Coronavirus Taxonomy[. …] Coronaviruses (CoVs) belong to the subfamily Orthocoronavirinae in the family Coronaviridae […].”
Khulud Bukhari, Geraldine Mulley, Anastasia A. Gulyaeva, Lanying Zhao, Guocheng Shu, Jianping Jiang, Benjamin W. Neuman:Description and initial characterization of metatranscriptomic nidovirus-like genomes from the proposed new family Abyssoviridae, and from a sister group to the Coronavirinae, the proposed genus Alphaletovirus. In: Virology. Band524, November. Elsevier, 7.September 2018, S.160–171, doi:10.1016/j.virol.2018.08.010, PMID 30199753, PMC7112036(freier Volltext) – (englisch, Volltext[PDF; 3,3MB; abgerufen am 18.Mai 2020]„Korrekte“ doppeldeutige Wortverwendung von „Coronaviren“ vor Existenz von Orthocoronavirinae.).“[…] a sister group to all known coronaviruses, but still within the Coronavirinae.”
Eintrag: ICTV Taxonomy history: Moordecovirus.In:ICTV-Homepage.International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV),abgerufen am 9.Juni 2020(englisch).
J. Ziebuhr, S. Baker, R.S. Baric, R.J. de Groot, C. Drosten, A. Gulyaeva, B.L. Haagmans, B.W. Neuman, S. Perlman, L.L.M. Poon, I. Sola, A.E. Gorbalenya:2019.021S. Proposal-Dokument in ZIP. In: International Committee on Taxonomy of Viruses (Hrsg.): Virus Taxonomy. History. Revision 2019. EC51, Berlin April 2019 (ictvonline.org[ZIP; 1,8MB; abgerufen am 9.Juni 2020] Dokument-Name in ZIP: 2019.021S.A.v1.Corona_Tobaniviridae.docx, ratifiziert im März 2020-03, noch nicht vollständig veröffentlicht, Proposal-Code2019.021S; Proposal-Webseite. ictvonline.org).