Lachnospiraceae
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| Lachnospiraceae | |
|---|---|
Scientific classification  | |
| Domain: | Bacteria |
| Kingdom: | Bacillati |
| Phylum: | Bacillota |
| Class: | Clostridia |
| Order: | Eubacteriales |
| Family: | Lachnospiraceae Rainey 2010[1] |
| Genera[2] | |
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See text | |
The Lachnospiraceae are a family of obligately anaerobic, variably spore-forming bacteria in the order Eubacteriales that ferment diverse plant polysaccharides[3] to short-chain fatty acids (butyrate, acetate) and alcohols (ethanol). These bacteria are among the most abundant taxa in the rumen[4] and the human gut microbiota.[5][6][7][8] Members of this family may protect against colon cancer in humans by producing butyric acid.[9][10] Lachnospiraceae have been found to contribute to diabetes in genetically susceptible (ob/ob) germ-free mice.[11]
The currently accepted taxonomy is based on the List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature (LPSN)[1] and National Center for Biotechnology Information (NCBI)[12]
| 16S rRNA based LTP_10_2024[13][14][15] | 120 marker proteins based GTDB 09-RS220[16][17][18] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Unassinged genera:
- "Africanella" Alou, Fournier & Raoult 2016 non Vermeij & Houart, 1999
- Anaerolentibacter Yan et al. 2024
- Anaerotaenia Ueki et al. 2016
- Chakrabartyella Pardesi et al. 2023
- "Ca. Colinaster" Gilroy et al. 2022
- "Ca. Darwinimomas" Gilroy et al. 2022
- "Ca. Epulonipiscioides" Ngugi et al. 2017 corrig. Oren et al. 2020
- "Ca. Equihabitans" Gilroy et al. 2022
- Fusibacillus Bai et al. 2024 non Pribram 1929
- "Fusimonas" Kusada et al. 2017
- "Gluceribacter" corrig. Kawata et al. 2021
- "Ca. Hippenecus" Gilroy et al. 2022
- Hoministercoradaptatus Hitch et al. 2022
- Howardella Cook et al. 2007
- "Ca. Lachnocurva" Holm et al. 2020
- "Maccoya" Hitch et al. 2024
- "Ca. Merdinaster" Gilroy et al. 2022
- "Ca. Minthocola" Gilroy et al. 2022
- "Naizhengia" Huang et al. 2024
- "Sakamotonia" Hitch et al. 2024
- "Sanxizhangella" Huang et al. 2024
- Suonthocola Hitch et al. 2022
- Sporobacterium Mechichi et al. 1999[5]
- Syntrophococcus Krumholz & Bryant 1986
- "Weimerbacter" Scarborough et al. 2019
- "Yonghella" Huang et al. 2024
References
- 1 2 J.P. Euzéby. "Lachnospiraceae". List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature (LPSN). Retrieved 2022-09-09.
- ↑ "Family - L". List of Prokaryotic Names with Standing in Nomenclature. Retrieved 30 March 2021.
- ↑ Boutard, M; Cerisy, T (13 November 2014). "Functional Diversity of Carbohydrate-Active Enzymes Enabling a Bacterium to Ferment Plant Biomass". PLOS Genetics. 10 (11) e1004773. doi:10.1371/journal.pgen.1004773. PMC 4230839. PMID 25393313.
- ↑ Seshadri, R; Leahy, SC (19 March 2018). "Cultivation and sequencing of rumen microbiome members from the Hungate1000 Collection". Nature Biotechnology. 36 (4): 359–367. doi:10.1038/nbt.4110. PMC 6118326. PMID 29553575.
- 1 2 3 4 eol
- ↑ Phyllis Kanki; Darrell Jay Grimes, eds. (2013). Infectious diseases selected entries from the Encyclopedia of sustainability science and technology. New York: Springer. ISBN 978-1-4614-5719-0.
- ↑ UniProt
- ↑ Paul De Vos; et al., eds. (2009). Bergey's manual of systematic bacteriology (2nd ed.). Dordrecht: Springer. ISBN 978-0-387-68489-5.
- ↑ Meehan, C. J.; Beiko, R. G. (12 March 2014). "A Phylogenomic View of Ecological Specialization in the Lachnospiraceae, a Family of Digestive Tract-Associated Bacteria". Genome Biology and Evolution. 6 (3): 703–713. doi:10.1093/gbe/evu050. PMC 3971600. PMID 24625961.
- ↑ Xia, Li C.; Liu, Gang; Gao, Yingxin; Li, Xiaoxin; Pan, Hongfei; Ai, Dongmei (2019). "Identifying Gut Microbiota Associated With Colorectal Cancer Using a Zero-Inflated Lognormal Model". Frontiers in Microbiology. 10: 826. doi:10.3389/fmicb.2019.00826. ISSN 1664-302X. PMC 6491826. PMID 31068913.
- ↑ Kameyama, Keishi; Itoh, Kikuji (2014). "Intestinal Colonization by a Lachnospiraceae Bacterium Contributes to the Development of Diabetes in Obese Mice". Microbes and Environments. 29 (4): 427–430. doi:10.1264/jsme2.ME14054. ISSN 1342-6311. PMC 4262368. PMID 25283478.
- ↑ Sayers; et al. "Lachnospiraceae". National Center for Biotechnology Information (NCBI) taxonomy database. Retrieved 2022-09-09.
- ↑ "The LTP". Retrieved 10 December 2024.
- ↑ "LTP_all tree in newick format". Retrieved 10 December 2024.
- ↑ "LTP_10_2024 Release Notes" (PDF). Retrieved 10 December 2024.
- ↑ "GTDB release 09-RS220". Genome Taxonomy Database. Retrieved 10 May 2024.
- ↑ "bac120_r220.sp_labels". Genome Taxonomy Database. Retrieved 10 May 2024.
- ↑ "Taxon History". Genome Taxonomy Database. Retrieved 10 May 2024.
- ↑ UniProt
- ↑ "Cuneatibacter". www.uniprot.org.
- ↑ "Agathobacter". www.uniprot.org.
- ↑ Parker, Charles Thomas; Garrity, George M (1 January 2003). Parker, Charles Thomas; Garrity, George M (eds.). "Taxonomic Abstract for the genera". The NamesforLife Abstracts. doi:10.1601/tx.25197.
- ↑ Parker, Charles Thomas; Garrity, George M (2017). Parker, Charles Thomas; Garrity, George M (eds.). "Nomenclature Abstract for Faecalimonas Sakamoto et al. 2016". The NamesforLife Abstracts. doi:10.1601/nm.29877.
- ↑ Parker, Charles Thomas; Garrity, George M (2017). Parker, Charles Thomas; Garrity, George M (eds.). "Nomenclature Abstract for Faecalicatena Sakamoto et al. 2016". The NamesforLife Abstracts. doi:10.1601/nm.29879.
Further reading
- Newton, R. J.; VandeWalle, J. L.; Borchardt, M. A.; Gorelick, M. H.; McLellan, S. L. (29 July 2011). "Lachnospiraceae and Bacteroidales Alternative Fecal Indicators Reveal Chronic Human Sewage Contamination in an Urban Harbor". Applied and Environmental Microbiology. 77 (19): 6972–6981. Bibcode:2011ApEnM..77.6972N. doi:10.1128/AEM.05480-11. PMC 3187108. PMID 21803887.
- Kameyama, Keishi; Itoh, Kikuji (2014). "Intestinal Colonization by a Lachnospiraceae Bacterium Contributes to the Development of Diabetes in Obese Mice". Microbes and Environments. 29 (4): 427–430. doi:10.1264/jsme2.ME14054. PMC 4262368. PMID 25283478.
- Paul De Vos; et al., eds. (2009). Bergey's manual of systematic bacteriology (2nd ed.). Dordrecht: Springer. ISBN 978-0-387-68489-5.
- Almeida, edited by Susan S. Cho, Nelson (2012). Dietary fiber and health. Boca Raton: CRC Press. ISBN 978-1-4398-9929-8.
{{cite book}}:|first1=has generic name (help)CS1 maint: multiple names: authors list (link) - Olsen, LeighAnne; Choffnes, Eileen R.; Academies, Alison Mack, rapporteurs; Forum on Microbial Threats, Board on Global Health, Institute of Medicine of the National (2012). The social biology of microbial communities: workshop summary. Washington, D.C.: National Academies Press. ISBN 978-0-309-26432-7.
{{cite book}}: CS1 maint: multiple names: authors list (link) - Nelson, Karen E.; Peterson, editor; foreword by Jane L.; Garges, Susan (2011). Metagenomics of the human body. New York: Springer. ISBN 978-1-4419-7089-3.
{{cite book}}:|first2=has generic name (help)CS1 maint: multiple names: authors list (link)
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