En el tiempo del Condado Portucalense, el alqueire era una medida nueva que había acabado de ser importada de las regiones peninsulares bajo dominio árabe. La primera referencia explícita fecha del año 1111, no obstante es seguro que el sistema usado desde finales del siglo XI ya incluía un alqueire. Muy probablemente, en esta época, la palabra alqueire aún debía designar una medida única y bien conocida. Algunos años después, tal vez ya existiesen diferentes alqueires, razón por la cual las posturas municipales de Coímbra, de 1145, estipulan que el alqueire (de cereal) debería tener el peso de 6.5 libras, o ya sea, una capacidad en torno a los 3,4 litros.
A lo largo de la mayor parte de la primera dinastía, reinados de Don Afonso Henriques hasta Don Afonso IV, el alqueire legal será equivalente al modius romano, o sea cerca de 8,7 litros.
Entretanto, el alqueire legal estaba lejos de ser usado en todo el territorio. Don Pedro I (1357) introdujo un nuevo alqueire de 9,8 litros e intentó imponerlo a todo el reino. Ese alqueire tuvo de hecho una mayor divulgación que el anterior alqueire legal, no obstante no llegó a generalizarse en todo el territorio.
Con Don Manuel I (1499), el alqueire legal pasó a ser el de Lisboa, que equivalía a 13,1 litros. Don Sebastião I (1575) distribuyó padrones de este alqueire, en bronce, en las principales localidad del reino. Así mismo, sobrevivieron diversos padrones regionales del alqueire.
Más tarde, probablemente en la secuencia del terremoto de 1755, la capacidad del alqueire de Lisboa fue ajustada, aproximándose de los 13,9 litros, el que permitiría una más fácil conversión para el sistema castellano.
Los principales padrones del alqueire usados en diferentes regiones de Portugal en el siglo XIX eran los siguientes:
- 13,1 litros en el litoral entre Aveiro y Lisboa
- 13,9 litros, un poco por todo el país
- 14,9 y 15,7 litros, sobre todo en el interior y en el sur
- 17,0, 17,5 y 19,3 litros, casi exclusivamente en el Entre-Douro-e-Minho
A nivel local, se usaba una infinidad de variantes de estos padrones principales.
La introducción del sistema métrico decimal, en el siglo XIX, no impidió que continuasen siendo usados los alqueires tradicionales.
Desde la Edad Media, el alqueire fue también una unidad de superficie. Normalmente, un alqueire de superficie era el área de terreno que se sembraba con un alqueire de semillas.