Andoni inició su trayectoria en los banquillos dirigiendo a los equipos juveniles de San Jorge y Oberena en los que estuvo durante 5 años en fútbol base formativo.
En 2014, dirige al Rotxapea CD de liga regional con el que lograría el ascenso a Territorial Preferente y en el que permanecería durante otra temporada más.
En la temporada 2016-17, firma por el Club Deportivo Idoya de la Tercera División de España, con el que finalizó en octava posición.
En la temporada 2017-18, firma por la UD Mutilvera de la Tercera División de España. En su primera temporada logró el título de campeón del grupo XV de Tercera División y jugó la fase de ascenso pero no logró el ascenso.
En la siguiente campaña, disputó la Copa del Rey y volvió a alcanzar la fase de ascenso a la Segunda División B de España, quedando en tercera posición pero no logró el ascenso.
En la temporada 2019-20, tras volver a quedar en primera posición del grupo navarro, si logró el ascenso a la Segunda División B de España.
En las temporadas 2020-21 y 2021-22, lograría mantener a la Unión Deportiva Mutilvera, tanto en la Segunda División B de España como en la Segunda Federación, respectivamente.[2]
El 27 de mayo de 2022, renueva como entrenador UD Mutilvera para continuar dirigiendo en la Segunda Federación.[3]
El 7 de noviembre de 2022, fue destituido de la UD Mutilvera tras 7 derrotas consecutivas, siendo sustituido por Jon Erice, jugador del club hasta ese momento.
El 16 de junio de 2023, firma como entrenador del CD Izarra de la Segunda Federación.[4]
El 23 de octubre de 2023, es destituido como entrenador del CD Izarra de la Segunda Federación.[5]
