Anexo:Software para alineamiento de secuencias
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Esta lista de software para alineamiento de secuencias es una compilación de herramientas software y portales web usados en alineamiento de secuencias de pares y alineamiento múltiple de secuencias. Ver Anexo:Software para alineamiento estructural para alineamiento estructural de proteínas.
Sólo búsquedas en bases de datos
| Nombre | Descripción | Tipo de secuencia* | Enlace | Referencia | Año |
|---|---|---|---|---|---|
| BLAST | Búsqueda local de k-tuplas (Basic Local Alignment Search Tool) | Ambos | NCBI EBI DDBJ DDBJ (psi-blast) GenomeNet PIR (Sólo proteínas) | [1] | 1990 |
| Extensión combinatoria | Búsqueda de alineamiento estructural | Proteína | servidor | ||
| FASTA | Búsqueda local de k-tuplas | Ambos | EBI DDBJ GenomeNet PIR (Sólo proteínas) | [2] | 1985 |
| GGSEARCH / GLSEARCH | Alineamiento con estadística Global:Global (GG), Global:Local (GL) | Proteína | servidor FASTA | ||
| HMMER | Búsqueda de perfiles ocultos de Markov | Proteína/ADN | Descargar DDBJ (HMMPFAM) | [3][4] | 1998 |
| IDF | Inverse Document Frequency | Ambos | Descargar | ||
| Infernal | Búsqueda SCFG de perfil | ARN | Descargar | [5] | 2009 |
| SAM | Búsqueda de perfiles ocultos de Markov | Proteína/ADN | SAM | [6] | 1999 |
| SSEARCH2SEQ | Búsqueda Smith-Waterman (más sensible que FASTA) | Ambos | SSEARCH2SEQ servidor | [7][8] | 1991 |
| SWIMM | Búsqueda Smith-Waterman en arquitecturas multicore y manycore de Intel | Proteína | Descargar | [9] | 2015 |
| *Tipo de secuencia: Proteína o nucleótido | |||||
Alineamiento de pares de secuencias
| Nombre | Descripción | Tipo de secuencia* | Tipo de alineamiento** | Enlace | Referencia | Año |
|---|---|---|---|---|---|---|
| ACANA | Alineamiento de secuencias de ADN, diseñada para secuencias que comparten regiones conservadas y/o alta frecuencia de las largas inserciones o deleciones | ADN | Local y global | ACANA | [10] | 2006 |
| BioconductorpairwiseAlignment
(paquete Biostrings) |
Programación dinámica | ADN y ARN | Local, global y solapamientos (ends-free) | Biostrings | [11][12] | 2008 |
| BioPerl dpAlign | Programación dinámica | Ambos | Ambos + Ends-free | sitio web | Y. M. Chan | 2003 |
| BLASTZ | Coincidencia de patrones (seeded pattern-matching) | Nucleótido | Local | descargar | [13][14] | 2003 |
| DNADot | Herramienta dot-plot basada en web | Nucleótido | Global | servidor | R. Bowen | 1998 |
| DOTLET | Herramienta dot-plot basada en Java | Ambos | Global | Dotlet Help sitio web | [15] | 2000 |
| GGSEARCH2SEQ,
SSEARCH2SEQ, GLSEARCH |
Alineamiento con estadísticas Global:Global (GG), Local:Local (SS), Global:Local (GL) | Proteína | Global y local | GGSEARCH2SEQ servidorSSEARCH2SEQ servidorservidor FASTA | [7][8] | 1991 |
| JAligner | Implementación Java de código abierto de Smith-Waterman | Ambos | Local | JWS | [16][17][18] | 2005 |
| LALIGN | Múltiple, sin solapamiento, similitud local (mismo algoritmo que SIM) | Ambos | Local sin solapamiento | LALIGN servidorLALIGN/PLALIGN servidor FASTA | [19][8] | 1991 (algoritmo) |
| matcher | Needleman optimizado para memoria, pero lenta programación dinámica (basado en LALIGN) | Ambos | Local | servidor | I. Longden (modificado de W. Pearson) | 1999 |
| MCALIGN2 | Modelos explicites de evolución indel | ADN | Global | servidor | J. Wang et al. | 2006 |
| MUMmer | Basado en árboles de sufijos | Nucleótido | Global | descargar | S. Kurtz et al. | 2004 |
| needle | Programación dinámica Needleman-Wunsch | Ambos | Global | Needle servidorEBI | [20][21][8] | 1999 |
| Ngila | Costes de hueco (gap) logarítmicos y modelos explícitos de evolución indel | Ambos | Global | descargar | R. Cartwright | 2007 |
| PatternHunter | Concidencia de patrones (seeded pattern-matching) | Nucleótido | Local | descargar | [22][23] | 2002-2004 |
| ProbA (also propA) | Muestreo por función de partición estocástica vía programación dinámica | Ambos | Global | descargar | [24] | 2002 |
| PyMOL | El comando "align" alinea las sequencias y lo aplica a la estructura | Proteína | Global (por selección) | PyMOL sitio web oficial | [25] | 2000 |
| REPuter | Basado en árboles de sufijos | Nucleótido | Local | descargar | [26] | 2001 |
| SEQALN | Diferentes programaciones dinámicas | Ambos | Local o Global | servidor | M.S. Waterman and P. Hardy | 1996 |
| SIM, GAP, NAP, LAP | Similitud local con tratamientos variables de los gaps | Ambos | Local o global | servidor | X. Huang and W. Miller | 1990-6 |
| SIM | Similitud local | Ambos | Local | servidores | X. Huang and W. Miller | 1991 |
| SLIM Search | Alineamiento de bloques ultrarrápido | Ambos | Ambos | sitio web | L. Bloksberg | 2004 |
| stretcher | Optimizado para memoria, pero lenta programación dinámica | Ambos | Global | Stretcher servidorEBI | [27][21][8] | 1999 |
| tranalign | Alinea secuencias de ácidos nucléicos dado un alineamiento de proteínas | Nucleótido | NA | servidor | G. Williams (modificado de B. Pearson) | 2002 |
| water | Programación dinámica Smith-Waterman | Ambos | Local | Water servidor EBI | [28][21][8] | 1999 |
| wordmatch | Coincidencia de k-tuplas por pares | Ambos | NA | Documentación | [21] | 1998 |
| YASS | Coincidencia de patrones (seeded pattern-matching) | Nucleótido | Local | servidor descargar | [29] | 2005 |
| *Tipo de secuencia: Proteína o Nucleótido. **Tipo de alineamiento: Local o global | ||||||
Alineamiento múltiple de secuencias
| Nombre | Descripción | Tipo de secuencia* | Tipo de alineamiento Type** | Enlace | Referencia | Año |
|---|---|---|---|---|---|---|
| ABA | Alineamiento A-Bruijn | Proteína | Global | descargar | [30] | 2004 |
| ALE | Alineamiento manual; alguna asistencia software | Nucleótidos | Local | descargar | J. Blandy y K. Fogel | 1994 (última versión 2007) |
| AMAP | Annealing de secuencias | Ambos | Global | servidor | [31] | 2007 |
| BAli-Phy | Alineamientos árbol+multi; probabilísticos/bayesianos; joint estimation | Ambos | Global | WWW+descargar | [32][33] | 2006 (última versión 2021) |
| BoulderALE | Alineamiento, anotación de pares de bases Watson-Crick y no Watson-Crick, y de estructuras secundarias | ARN | Local o Global | BoulderALE | [34] | 2011 |
| COBALT | Alineamiento basado en restricciones de múltiples secuencias de proteínas, con anotación de dominios. | Proteína | Local o global | Linux executable download | [35] | 2007 |
| CodonCode Aligner | Multi-alineamiento; soporte ClustalW y Phrap | Nucleótidos | Local o Global | descargar | P. Richterich et al. | 2003 (última versión 2007) |
| CHAOS/DIALIGN | Alineamiento iterativo | Ambos | Local (preferida) | servidor | [36] | 2004 |
| ClustalW | Alineamiento progresivo | Ambos | Local o Global | descargar EBI DDBJ PBIL EMBNet GenomeNet | [37] | 1994 |
| DIALIGN-TX y DIALIGN-T | Método basado en segmentos | Ambos | Local (preferida) o Global | descargar y servidor | [38] | 2005 (última versión 2008) |
| ADN Baser | Multi-alineamiento | Ambos | Local o Global + post-proceso | ADN Baser (comercial) | M. Gabriel | publicado en 2005 |
| Ed'Nimbus | Seeded filtration | Nucleótidos | Local | servidor | [39] | 2006 |
| Geneious | Alineamiento progresivo/iterativo; plugin para ClustalW | Ambos | Local o Global | descargar | [40] | 2006 (última versión 2012) |
| Kalign | Alineamiento progresivo | Ambos | Global | servidorEBI MPItoolkit | [41][42] | 2005 (versión más reciente 2019) |
| MSA | Programación dinámica | Ambos | Local o Global | descargar | [43] | 1989 (modificado 1995) |
| PRRN/PRRP | Alineamiento iterativo (especialmente refinamiento) | Proteína | Local o Global | PRRP PRRN | Y. Totoki (basado en O. Gotoh) | 1991 y posteriores |
| POA | Modelo oculto de Markov/orden parcial | Proteína | Local o Global | descargar | [44] | 2002 |
| SAM | Modelo oculto de Markov | Proteína | Local o Global | servidor | [45][46] | 1994 (versión más reciente 2009) |
| MAFFT | Alineamiento progresivo/iterativo | Ambos | Local o Global | GenomeNet MAFFT | [47] | 2002 |
| MAVID | Alineamiento progresivo | Ambos | Global | servidor | [48] | 2004 |
| MULTALIN | Programación dinámica/clustering | Ambos | Local o Global | servidor | [49] | 1988 |
| Multi-LAGAN | Alineamiento progresivo por programación dinámica | Ambos | Global | servidor | [50] | 2003 |
| MUSCLE | Alineamiento progresivo/iterativo | Ambos | Local o Global | servidor | [51] | 2004 |
| ProbCons | Probabilístico/consistencia | Proteína | Local o Global | servidor | [52] | 2005 |
| PSAlign | Alineamiento preservando no-heurística | Ambos | Local o Global | descargar | [53] | 2006 |
| SAGA | Alineamiento de secuencias por algoritmo genético | Proteína | Local o Global | descargar | [54] | 1996 (nueva versión 1998) |
| T-Coffee | Alineamiento progresivo más sensible | Ambos | Local o Global | servidor | [55] | 2000 |
| RevTrans | Combina ADN y alineamiento de proteínas, por traducción inversa de alineamiento de proteínas a ADN. | ADN/Proteína (especial) | Local o Global | servidor | [56] | 2003 (versión más reciente 2005) |
| *Tipo de secuencia: Proteína o nucleótido. **Tipo de alineamiento: Local o global | ||||||
Análisis genómico
| Nombre | Descripción | Tipo de secuencia* | Enlace |
|---|---|---|---|
| SLAM | Predicción de genes, alineamiento, anotación (identificación de homología humano-ratón) | Nucleótido | servidor |
| Mauve | Alineamiento múltiple de genomas reorganizados | Nucleótido | descargar |
| MGA | Alineador múltiple de genomas | Nucleótido | descargar |
| Mulan | Alineamientos múltiples locales de secuencias de tamaño genómico | Nucleótido | servidor |
| Sequerome | Perfilado de información sobre alineamiento de secuencias recurriendo a los principales servidores/servicios | Nucleótido/péptido | servidor |
| AVID | Alineamiento global por pares con genomas completos | Nucleótido | servidor |
| SIBsim4 / Sim4 | Programa diseñado para alinear una secuencia expresada de ADN con una secuencia genómica, permitiendo intrones | Nucleótido | descargar |
| Shuffle-LAGAN | Alineamiento glocal de pares de regiones de genoma completas | Nucleótido | servidor |
| ACT (Artemis Comparison Tool) | Sintenía y genómica comparativa | Nucleótido | servidor |
| *Tipo de secuencia: Proteína o nucleótido | |||
Predicción de motivos
| Nombre | Descripción | Tipo de secuencia* | Enlace | Referencia | Año |
|---|---|---|---|---|---|
| BLOCKS | Identificación de motivos sin huecos en la base de datos BLOCKS | Ambos | servidor | ||
| DREME | Identificación ab initio de motivos de sitios de unión de factores de transcripción al ADN en eucariotas. Diseñado para datos de ChIP-Seq. Obsoleto desde 2021; sustituido por STREME | ADN | servidor | [57] | 2011 |
| eMOTIF | Extracción e identificación de motivos cortos | Ambos | servidors | ||
| Gibbs motif sampler | Extracción estocástica de motivos por probabilidad estadística | Ambos | servidor (una de varias implementaciones) | [58][59] | 1995 (última versión 2003) |
| I-sites | Biblioteca de motivos estructurales locales | Proteína | servidor | ||
| MAST | Búsqueda y descubrimiento de motivos mediante la búsqueda de coincidencias entre una secuencia y un conjunto de motivos conocidos | Ambos | servidor | [60] | 1998 |
| MEME | Búsqueda y descubrimiento de motivos | Ambos | servidor | [61][62] | 1995 |
| PHI-Blast | Búsqueda de motivos y herramienta de alineamiento | Ambos | servidor | ||
| PRATT | Generación de patrones para usar con ScanProsite | Proteína | servidor | [63][64] | 1995 (última versión 1997) |
| ScanProsite | Herramienta de búsqueda de motivos en base de datos | Proteína | servidor | [65] | 2006 |
| STREME | Identificación ab initio de motivos | Ambos | servidor | [66] | 2021 |
| TEIRESIAS | Extracción de motivos y búsqueda en base de datos | Ambos | servidor | [67] | 1998 |
| *Tipo de secuencia: Proteína o nucleótido | |||||
Benchmarking
| Nombre | Enlace | Autores |
|---|---|---|
| BAliBASE | descargar | Thompson, Plewniak, Poch |
| HOMSTRAD | descargar | Stebbings, Mizuguchi |
| Oxbench | descargar | Raghava, Searle, Audley, Barber, Barton |
| PFAM | descargar | |
| PREFAB | descargar | Edgar |
| SABmark | descargar | Van Walle, Lasters, Wyns |
| SMART | descargar | Letunic, Copley, Schmidt, Ciccarelli, Doerks, Schultz, Ponting, Bork |
