Para la temporada 2008 de la LNBDH Oro, tres de los cuatro equipos del área metropolitana de Pamplona que participaban en la competición decidieron unirse para mejorar la competitividad frente a otros miembros de la liga, así el C. D. Arga (de Burlada), C. C. D. Amaya (de Pamplona) y C. A. D. Irabia (de Pamplona) se unieron para crear Béisbol Navarra, que participó en la temporada de 2008 junto al cuarto club de la ciudad que continuó presentándose en solitario, el C. D. Pamplona. En esta primera edición, el Béisbol Navarro consiguió acabar en un sexto puesto (el C. D. Pamplona acabaría octavo). Además, el mismo año fue invitado a participar en la Copa del Rey junto al decano C. B. Viladecans ante las renuncias de los clasificados Marlins Puerto de la Cruz y F. C. Barcelona. Quedó último.[4]
En la siguiente temporada, la LNBDH Oro 2009, temporada que se amplió la participación a 10 equipos, bajó a un octavo puesto.
En la temporada 2010 conseguiría acabar en un cuarto puesto, aunque en las siguientes volvería a oscilar entre el séptimo y el noveno puesto de la clasificación, a excepción de la LNBDH Oro 2016, en la que alcanzó el sexto puesto de la clasificación.[5]
En la temporada 2017 acabó en el octavo y último lugar, debiendo jugar una promoción que finalmente no se dio al ampliar las plazas de la máxima categoría a 9.
Entre las temporadas 2018 y 2021 ocupó los puestos entre el 5 y 7 clasificado. En la temporada 2022, en la que la clasificación general se dividió entre dos grupos «A» y «B» de cinco miembros cada uno, acabó como tercer clasificado del «A» por detrás del Marlins Puerto de la Cruz y el San Inazio B. E.
En la LNBDH 2023 se volvió a prescindir del formato de grupos para volver a una clasificación general de los 11 participantes, de los que Béisbol Navarra quedó sexto. En la siguiente temporada, acabó quinto.