El canal es navegable por barcos grandes, solo desde el sureste, hasta el puente Douglas, aproximadamente 17 km. Entre el puente y el aeropuerto internacional Juneau, unos 13 km, es solo navegable por barcos pequeños y únicamente con la marea alta.
Poco a poco el canal se está tornando menos navegable a causa de la escasa profundidad. Las dos causas principales de ello son:
- Ajuste isostático a causa del retiro de las capas de hielo de los glaciares
- Sedimentación y relleno del canal Gastineau por sedimentos de limo producidos por el glaciar Mendenhall y el río Mendenhall.
Si las tendencias actuales continúan, el canal Gastineau eventualmente dejara de ser navegable y eventualmente podría llegar a secarse.
En el ajuste isostático, la litosfera terrestre (corteza) se eleva lentamente a causa de fuerzas de flotación, al ser retiradas grandes masas de la superficie. Este proceso es de evolución lenta. La velocidad de ajuste isostático en el sureste de Alaska varia entre 0.25 a 4 cm anuales dependiendo de la historia glaciar de la zona. La velocidad de ajuste isostático en la zona de Juneau es de 0.7 a 1.3 cm /año.[4]
