Para la preparación del cancato se usan pescados de carne firme, como la sierra o, desde fines del siglo XX, el salmón. El sistema tradicional consiste en abrir un pescado y hacer pasar pequeños trozos de madera, como varillas de quila, para que se mantenga abierto, luego aprisionarlo dentro de una rama partida que se clava en el suelo y asarlo al calor de una fogata.[1] Existen también parrillas especiales o «cancateras» que están formadas por dos piezas unidas con bisagras y así se puede meter el pescado en su interior y hacerlo girar sin inconvenientes.
En los restaurantes de la zona se vende una versión de este plato preparada al horno.[1] En este caso, usualmente se hornea un trozo de salmón o dos hasta dorarlos, pero sin perder la humedad de la carne. Antes de alcanzar su punto, se le agrega encima o en su interior tomate y longaniza,[1] ambas en rodajas, y luego se le añade queso[1] en láminas con un poco de aceite y orégano. Se retira del horno y se sirve una vez que el queso se haya derretido lo suficiente.