El edificio, construido entre 1792 y 1795, se levantó con la finalidad de disponer de inmueble adecuado como almacén de especies que se obtenían del cobro del diezmo y otro tipo de rentas. El recinto mantuvo este uso hasta la Desamortización de Mendizábal, en 1835, cuando pasó a ser de propiedad particular. A principios del siglo XX se adaptó su uso como posada y durante la Guerra Civil llegó a utilizarse como cárcel. Desde 1960 el Ayuntamiento de Baena pasó a ser el arrendatario del inmueble hasta que en 1984 lo adquiere como patrimonio municipal para ubicar allí la Casa de la Cultura. Entre 1984 y 1997 se acometieron diversas obras de reconstrucción y rehabilitación.[1]
En 1995 se elabora el Plan Integral de la Tercia que incluye su conversión en Museo local. En 1998 la Comisión Andaluza de Museos informó favorablemente la autorización de creación del Museo. Los fondos fundacionales del Museo Histórico consistieron en un importante lote de material de carácter arqueológico procedente de donaciones particulares y de campañas de excavación realizadas en el término municipal, espacialmente la del yacimiento de Torreparedones.[1]
