La producción investigativa del CIS se enmarca en tres grandes grupos:
1) Estado, política y derecho: Investigaciones sobre Estado, ciudadanía, participación política y movimientos sociales, justicia, normativa jurídica, administración pública, burocracia, instituciones y servicios públicos.
2) Teoría e historia: Investigaciones sobre historia política, geográfica e ideológica en Bolivia, tradición intelectual y teoría de la producción cultural boliviana.
3) Economía y sociedad: Investigaciones sobre economía, bienestar social, sectores productivos, estructuras sociales, consumo, inversión, bienes públicos y políticas públicas.
El CIS es igualmente responsable de una serie de convocatorias de investigación[2] y concursos de tesis en ciencias sociales y humanas,[3] con el propósito de generar espacios académicos de discusión, utilizando fondos públicos para ello. Asimismo, el CIS es responsable de la Biblioteca del Bicentenario de Bolivia, un proyecto editorial del Estado boliviano cuyo fin es publicar 200 obras importantes de la historia de Bolivia hasta el año 2025.
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