Cobertura (genética)
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La cobertura (o profundidad) en la secuenciación del ADN es el número de lecturas únicas que incluyen un nucleótido dado en la secuencia reconstruida.[1][2] La secuenciación profunda se refiere al concepto general de apuntar a un alto número de lecturas únicas de cada región de una secuencia.[3]
Secuenciación ultra profunda
Aunque la precisión de secuenciación para cada nucleótido individual es muy alta, la gran cantidad de nucleótidos en el genoma significa que si un genoma individual solo se secuencia una vez, habrá una cantidad significativa de errores de secuenciación. Además, muchas posiciones en un genoma contienen polimorfismos de un solo nucleótido (SNP) raros. Por lo tanto, para distinguir entre errores de secuenciación y SNP verdaderos, es necesario aumentar aún más la precisión de la secuencia mediante la secuenciación de genomas individuales un gran número de veces.
El término "ultraprofundo" a veces también puede referirse a una mayor cobertura (> 100 veces), lo que permite la detección de variantes de secuencia en poblaciones mixtas.[4][5][6] En el caso extremo, los enfoques de secuenciación con corrección de errores, como la secuenciación de profundidad máxima, pueden hacer que la cobertura de una región determinada se acerque al rendimiento de una máquina de secuenciación, lo que permite coberturas de> 108.[6]
Secuenciación de transcriptomas
La secuenciación profunda de transcriptomas, también conocida como RNA-Seq, proporciona tanto la secuencia como la frecuencia de las moléculas de RNA que están presentes en un momento particular en un tipo de célula, tejido u órgano específico.[7] Contar el número de ARNm codificados por genes individuales proporciona un indicador del potencial de codificación de proteínas, un factor importante que contribuye al fenotipo.[8] La mejora de los métodos para la secuenciación de ARN es un área activa de investigación tanto en términos de métodos experimentales como computacionales.[9]
